判定直系同源关系进化分析方法.pdf

生 物 化 学 与 生 物 物 理 学 报 ISSN ACTA B IOCHIM ICA et B IOPH YSICA SIN ICA 2002 , 34 ( 1) : 88 - 94 CN 3 11300/ Q 判定直系同源关系的进化分析方法 时硕永 　丁达夫 ( 中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所 , 上海 20003 1 ) ( ) ( ) 摘要 　　如何正确判定基因之间的直系同源 ort holog 和旁系同源 p aralog 关系 , 仍是基因组功能诠释和比较基 因组学中有待更好解决的关键问题 。在以前的工作中 , 曾用进化分析方法解决多基因家族的直系/ 旁系同源关系 的判定问题 , 现进而完整地展开判定直系同源关系的进化分析方法 。从 44 个同源蛋白质家族的案例观察表明 , 与 ( ) 流行的 CO G 方法 直系同源蛋白质的聚类 比较 , 本方法能一般的判定直系同源关系以及能准确的诠释基因组的 分子功能 。 关键词 　　直系同源 ; 旁系同源 ; 进化分析 ; 比较基因组学 ( ) ( 　　现有人基因组的草拟序列以及数十物种的基因 cenancestor ] 后不 出现基 因重 复 gene duplica 组序列可供利用 , 如何预测这些基因组中未知基因 tion) 。然而 , 大多数情况下不是此种一对一的严格 和蛋白质的生物学功能 , 仍是一项挑战性的工作 。 直系同源关系 , 例如人和果蝇间仅有 2 758 对严格 在基因功能预测工作中 , 最初的方法是用同源 [5 ] ( ) 直系同源体 。对于一 多 对多的直系同源关系 , 基因的功能注释咨询序列 , 这种方法虽然快速 , 但 若在物种形成后所产生的旁系同源体还相当保守或 经过大规模 的基 因组测试发现它会 引入不少错 者还没有明显异化 , 此时可看成各旁系同源体簇之 [ 1 ] ( 误 。同源性主要包括两种类型 : 直系 同源 or 间的直系同源关系 。但是 , 各旁系同源体的演化速 t holog) , 即由最近祖先经种系发生而来 ; 旁系同源 率往往是不一样的 , 甚至会有明显的差别 , 那么众 (p aralog) , 即由最近祖先经由基因重复而来[2 ] 。通 ( ) 多种族基因组以同源抽样构成的多基因 蛋白质 家 常认为 , 直系同源体之间保持了同样或相似的功 族会呈现更为复杂的系统发育关系 。目前有工作试 能 , 旁系同源体则会进化出不同的功能[3 ] 。因此如 ( ) 图采