生物分子模拟中地静电计算.PDFVIP

第３２卷 第２期 计　 　 算　 　 物　 　 理 Ｖｏｌ．３２，Ｎｏ．２ ２０１５年３月 　 ＣＨＩＮＥＳＥ ＪＯＵＲＮＡＬ ＯＦ ＣＯＭＰＵＴＡＴＩＯＮＡＬ ＰＨＹＳＩＣＳ　 Ｍａｒ． ，２０１５ 文章编号：１００１⁃２４６Ｘ（２０１５）０２⁃０１２７⁃３３ 生物分子模拟中的静电计算 彭　 波，　 李翰林，　 卢本卓 （科学与工程计算国家重点实验室中国科学院数学与系统科学研究院，北京　 １００１９０） 摘　 要：在分子尺度上对生物系统的研究主要通过模拟生物分子间的相互作用来完成．在众多的分子间相互作用 中，静电相互作用及其重要，对它的定量计算是了解生物分子的溶剂化效应、生物分子折叠和酶催化作用等的一个 中心课题．本综述着重介绍用于计算溶剂化效应的泊松－玻尔兹曼模型，包括模型的理论基础、发展历程、数值求 解方法、及在分子生物学研究中的应用等．同时，也介绍泊松－玻尔兹曼模型的一种近似模型，广义玻恩模型． 关键词：泊松－玻尔兹曼方程；广义玻恩模型；溶剂化效应；边界元；有限元