使用NCBI查找DNA引物设计BLAST序列比对.docVIP

最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。现在我就结合我自己使用 NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下 BCBI 的使用。希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！ 我分以下几个部分说一下 NCBI 的使用： Part one 如何查找基因序列、mRNA、Promoter? Part two 如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列 Part three 运用 STS 查找已经公布的引物序列 Part four 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性? ?特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！ 从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！ 请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充 ?First of all，还是让我们从查找基因序列开始。 ?第一部分 利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter） ?下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤 ?1． 打开Map viewer 页面， 网址为： /mapview/index.html 在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示： ?2．点击“GO”出现如下页面： ??3． 在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框， 在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图： ? ?说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。尽管你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。我也推荐大家使用这个序列。 4．点击上述三条序列第一条序列（即 reference）对应的Genes seq，出现新的页面，页面下方为： ? ?5．点击上图出现的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能，结果如图所示： ? 先对上面这张图做点简要的说明，在 Sequence Format（序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为 FASTA 格式，还有一个是 GenBank 格式。我推荐大家选择 GenBnak格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而 FASTA格式只有基因序列。 ?6．在 Sequence Format 后选择 GenBank，然后点击下面的 Display，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。点击后如图所示（网页较大，只抓取一小部分以作示范） ： ? ?在上述打开的网页中，你可以看到基因长度，基因序列，以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。 你会看到:? mRNA? join(3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..8394) 这代表了从基因的 3598位开始就是转录区了， 即我们常说的 mRNA 片断， 由于内含子的存在，所以 mRNA 在DNA 序列上分成了几段。 CDS join(3660..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..7970) CDS 代表编码序列，即蛋白编码区是从 3660 开始的（ATG） ，由于剪接作用所以 CDS 区也是不连续的。 ?说到这里，可能很多朋友都已经明白了 promoter 即启动子区域在哪里了。但我还是再唠叨几句：转录起始位点前面是基因的调控区，启动子区没有明显的位置定义，大家也只是猜测它的大体位置，如果你要研究 promoter 区的话，建议你选择转录起始位点前的 2000个碱基进行研究，一般默认的是这样。当然你如果觉得长度太长不好研究的话，也可以只研究-1000 到0这一千个碱基，因为一般情况下，启动子区的变异都在这个区域内。 ?这样大家就可以找到自己的目的基因序列和启动子了，这种方法可能使用的人不是很多，但我个人比较喜欢，因为它最大的优点是可以找到启动子区域和其他调控区域。希望大家可以发帖交流，让我们把 NCBI 用的更好！ ??6??第二部分? 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序