白菜与甘蓝基因组转座子表达及其对基因调控的潜在影响.PDFVIP

HEREDITAS (Beijing) 2013 8 , 35(8): 1014―1022 ISSN 0253-9772 研究报告 DOI: 10.3724/SP.J.1005.2013.01014 白菜和甘蓝基因组转座子表达及其对基因调控的潜在 影响 1,2 2 1 2 赵美霞 , 张彪 , 刘胜毅 , 马渐新 1. , , 430062; 2. , 47907 转座子或转座元件是大多数真核生物基因组的主要组成成分。甘蓝(Brassica oleracea)基因组比白菜 (B. rapa) 大主要是转座子的扩增差异造成的。然而, 这两个芸薹属近缘物种转座子表达水平以及对基因的调控 和功能的影响目前还不清楚。文章对白菜和甘蓝叶、根、茎3 个器官的转录组数据进行了初步分析。结果显示, 转座子的表达量很低, 转录组reads 中有1%来自转座子的转录本; 转座子的表达存在器官差异, 且不同类别和 家族的转座子表达量相差很大, 相同类别和同一家族的转座子在白菜和甘蓝基因组中的表达活性也不相同。进 一步鉴定到转录读出的LTR 反转座子, 其与下游基因距离小于2 kb 的有41 个, 小于100 bp 的有9 个, 这些LTR 的转录读出很可能通过正义或反义的转录本激活或干扰下游基因的表达。同时, 具有转录读出的intact LTR 比 solo LTR 具有更强的读出活性。通过深入分析转座子的插入位点发现, 白菜基因组中转座子插入基因内部的频 率比甘蓝基因组中的高; 与反转座子相比, DNA 转座子更偏向于插入或保留在基因的内含子当中。这些结果为 认识转座子对其他蛋白编码基因的影响提供了基础。 白菜; 甘蓝; 转座子; 转录组; 转录读出; 转座子插入位点 Transposon expression and potential effects on gene regulation of Brassica rapa and B. oleracea genomes 1, 2 2 1 2 ZHAO Mei-Xia , ZHANG Biao , LIU Sheng-Yi , MA Jian-Xin 1. Key Laboratory of Oil Crops Biology and Genetic Breeding , Oil Crops Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Wuhan 430062, China; 2. Department of Agronomy, Purdue University, West Lafayette, IN 47907, USA Abstract: Transposons or transposable elements (TEs) are ubiquitous and most abundant DNA components in higher eukaryotes. Recent sequencing of the Brassica rapa and B. oleracea genomes revealed that the amplification of TEs is one 收稿日期: 2013−03−11; 修回日期: 2013−04−16 基金项目: 作者简介: , , E-mail: xiami1119@163.com 通讯作者: , , E-mail: liusy@ , , E-mail: maj@ 网络出版时间: 2013-5-9 10:58:45 URL: /kcms/detail/11.1913.R