刚地弓形虫亲环蛋白基因编码蛋白的主要特性及抗原表位的生.docVIP

刚地弓形虫亲环蛋白基因编码蛋白的主要特性与抗原表位的生物信息学分析 李玉英 王芬 湖北恩施州中心医院感染管理科 【摘要】 目的 通过生物信息学分析刚地弓形虫亲环蛋白（TgCyP）基因编码蛋白的主要特性与抗原表位，筛选该蛋白的T/B细胞联合表位。方法 利用蛋白分析专家系统（ExPASy）提供的ProtParam、SignalP、SOSUI、SOPMA、PSORT、MotifScan和NCBI上的ORF finder、Bcepred、SYFPEITHI等生物信息学在线分析程序，结合Gene Runner、DNAMAN等生物信息学软件，分析、预测TgCyP蛋白的理化性质、信号肽、可溶性、表面可及性、可塑性，跨膜区，翻译后修饰位点、亲（疏）水性、二级结构、亚细胞定位、T/B细胞抗原表位等。结果 该蛋白由179个氨基酸组成，分子式为C3126H4787N823O883S28，分子质量为68.924 ku，等电点理论值为7.27，波长280 nm时的吸光度（A）值为1.073，半衰期为30 h，有7个表面可及性参数≥1.9的区域、4个亲水性参数得分≥1.9的区域、3个柔韧性参数得分≥2的区域、8个翻译后修饰位点、8个潜在B细胞表位，4个辅助性T细胞联合表位、3个T/B细胞联合表位，为可溶性表达蛋白。 结论TgCyP为可溶性表达蛋白，有个 【关键词】刚地弓形虫；亲环蛋白；生物信息学；抗原表位 Bioinformatics analysis of the structure and epitope of the gene encoding Cyclophilin protein from Toxoplasma gondii Li Yu-ying, Wang Fen Affect administration department, enshi prefecture central hospital, Hubei 445000, China 【Abstract】 Objective To predict the main characteristics of the Cyclophilin protein of Toxoplasma gondii (TgCyP) encoding by Cyclophilin gene and its T/B cell epitopes by bioinformatics. Methods The physico-chemical property, solubility, surface accessibility, flexibility, post-translational modification sites, signal peptide, transmembrane domain, hydrophilicity/hydrophobicity, secondary structure, subcellular localization and B cell epitopes of TgCyP protein were analyzed and predicted by using the bioinformatics tools-ExPASy including ProtParam, SOSUI, SOPMA, PSORT, MotifScan, ORF finder, Bcepred, SignalP, and SYFPEITHI, combined with bioinformatics softwares (Gene Runner, DNAMAN, etc.). Results TgCyP protein was consist of 179 amino acids with listed characters: the molecular formula, C884H1378N242O258S4; the molecular mass, 19. 6523 ku; the value of theoretical isoelectric point, 6.06; the absorbance (A) value, 0.787 (280 nm); half-life is 30 hr. There were 4 zones with surface accessibility≥1.9, 4 zones with hydrophilicity≥1.9, 7 zones with flexibility≥2, 8 post-translational modification sites, 8 potential B cell 【作者单位】湖北恩施州中心医院感染管理科，湖北恩施445000 【作者