结构生物学10.ppt

第五章 基因组测序计划和结构基因组学 人类基因组计划 后基因组时期新的研究领域 结构基因组计划 人类基因组计划（HGP） “人类基因组计划”是人类自然科学史上最伟大的创举之一，它的规模可以与“曼哈顿”原子弹计划、“阿波罗”登月计划娘美，而它的意义又远超出了这两个计划。 HGP的由来 HGP的目标 HGP的主要内容 HGP的参与国与资金投入 HGP的进展和成就 人类基因组研究的应用 人类基因组研究引发的社会和伦理问题 人类基因组计划的由来 上世纪70年代的“基因论”是人类基因组计划的科学背景 所有的疾病都与人类的基因相关，都是人类基因组与病原基因组中有关基因相互作用的结果。 不仅疾病与基因有关，人的出生、成长都与基因有关，都与DNA的序列有关。 著名的诺贝尔奖获得者杜伯克在他发表的一篇文章，后来被称为“人类基因组计划”的“标书”之中写道：人类的DNA序列是人类的真谛。这个世界上的发生的一切，都与之息息相关。 在策略上说，“人类基因组计划”所采取的策略是“基因组学”的策略 杜伯克说：既然大家都知道基因的重要性，那我们就只有两种选择，一是“零敲碎打”，大家都去“个体作业”，去研究自己“喜欢”的、认为是重要的基因，而另一种选择呢？则是前所未有的大胆说法：从整体上来搞清楚人类的整个基因组，集中力量认识人类的所有基因。 人类基因组计划的由来 人类基因组计划的孕育，经历了长达5年的时间，这五年里，在发达国家里，上至政府首要，下至平民百姓，都参与了这一场讨论与最后的决策。而各国，首先是美国的科学家，作了大量的论证。 1984年, 在美国尤他大学召开的专业会议上，一些科学家已开始讨论对人类基因组DNA进行全序列分析的前景。 1985 年5 月，在美国加州组织了一次专门会议，美国能源部提出了测定人基因组全顺序的动议。 1986年，美国生物学家、诺贝尔奖获得者Renato Dulbecco 在“Science”上发表短文首次提出人类基因组计划的设想，并建议组织国家级和国际级的项目来进行这方面的研究。 1986年3月，美国能源部在召开的一次专门会议上， 正式提出实施测定人类基因组全顺序的计划。 1988年4月，国际人类基因组组织（HUGO）成立。 人类基因组计划的由来 1988年10月美国能源部和美国国立卫生研究院达成协议，共同管理和实施这一计划。 1990年，历经5年辩论之后，美国国会批准美国的“人类基因组计划”于10月1日正式启动。 随后法国、英国、意大利、德国、日本等也相继宣布开始各自的ＨＧＰ 研究。中国的人类基因组计划于1993年开始，1999年9月，中国正式参与国际人类基因组计划，负责测定人类基因组全部序列的1%。 HGP的目标 人类基因组计划的目标是通过以美国为主的全球性的国际合作，在大约15年的时间里完成人类24条染色体的基因组作图和DNA全长序列分析，进行基因的鉴定和功能分析，最终目标是确定人类基因组所携带的全部遗传信息。 人类基因组计划的“科学产品”将是一个人类遗传信息数据库，将是一本指导人类进化的“说明书”。 有人将HGP比作一张20世纪的生命（生物学）周期表，因为它一改经典分子生物学零敲碎打地研究个别基因的习惯，而力求在细胞水平上解决基因组的问题，同时研究10万个基因及其产物，以建立对生命现象的整体认识。 HGP的主要内容 基因组作图 基因组测序 基因的鉴定和分析 基因组研究相关技术建立 有关模式生物研究 生物信息系统建立 基因组作图 人类染色体不能直接用来进行测序，故HGP的第一阶段是要将基因组这一巨大的研究对象进行分解，使之成为较易操作的小的结构区域，这个过程简称为作图。 遗传图谱 物理图谱 遗传图谱 遗传图谱（genetic map），又称连锁图（linkage map），是通过计算连锁的遗传标志之间的重组频率，确定它们的相对距离，一般用厘摩(cM，即每次减数分裂的重组频率为1％)来表示。 遗传图绘制需要应用多态性标志。如限制性酶切片段长度多态性(RFLP)，短串联重复序列(STR, 又称微卫星，MS)标志，单核苷酸多态性(SNP)标志等。 通过遗传图谱，我们可以大致了解各个基因或DNA片断之间的相对距离与方向，如哪个基因更靠近着丝粒，那个更靠近端粒等。遗传图谱不仅是定位基因的重要手段，即使在人类基因组全物理图谱建立起来之后，它依然是研究人类基因组遗传与变异的重要手段。 物理图谱 物理图包含了两层意义，一是获得分布于整个基因组的序列标签位点(STS，其定义为染色体定位明确，而且可用PCR扩增的单拷贝序列)，使每隔一定距离就有一个标志；二是在此基础上构建覆盖每条染色体的大片段DNA连续克隆系(Contig)。[ 酵母人工染色体(YAC，插入片段达数百kb至2Mb)、细菌人工染色体(BAC，插人片段为80