栉孔扇贝fosmid文库的构建及基因组结构特征分析.pdf

栉孔扇贝fosmid文库的构建及基因组结构特征分析 的数目最多，其次是LTR反转座予，DNA转座子和滚环转座子。从重复序列的长 度上看，LTR反转座子最长，其次是LINE反转座子。DNA转座子和滚环转座子。 由此可见，栉孔扇贝基因组中反转座子所占比例要远高于DNA转座子。 最后， BLAST比对结果表明在3，646条序列中，有l，383条序列与数据库 现有的序列有明显的相似性(Ee。5)，占测序总数的37．93％。BLAsTN比对有明 显相似性的1．036条序歹1j中，与nr数据库序列相似的有113条，与EST数据库 序列相似的有923条。BLASTX比对有明显相似性的序列有347条，占序列总数 的9．52％。 3、栉孔扇贝fosmid克隆的染色体定位分析 根据对fosmid两端序列的分析和PCR筛选文库的结果，我们选择了12个 克隆进行FISH定位。其中8个克隆为重复序列，有4个有单一的染色体定位， 其余4个克隆在染色体上的位置不单一，出现在几条甚至所有染色体上。剩余的 4个克隆据分析有可能是单拷贝或低拷贝序列，我们尝试对它们进行染色体定 位。当没有巴卜lDNA封阻时，背景很高；但加入巴卜1DNA封阻后，其中的3 个克隆信噪比提高，可以确定阳性信号的位置。最终，12个克隆中有11个成功 得以定位，去除3个不适合用于染色体鉴定的克隆，其余8个克隆成功实现了8 条染色体的区分鉴定。这将有利于栉孑L扇贝细胞遗传学研究，比如染色体重排。 基因的染色体定位，染色体特异性文库和标记的发展等工作的开展。 栉孔扇贝fosmid文库的构建及基因组结构特征分析 Fosmid ConstructionandGenomicStructure Library in AnalysisZhikong Abstract isoneofthemost Zhikongscallop(ChlamysfarrerO commerciallyimportant bivalvesin its this on is China,but study,we study genomeunderdeveloped．In constmctedthefirst fosmid thefosmidend Zhikongscallop library,and analyzed to a assessmentofthe provide sequences preliminary has to chromosomeofsomefosmidclonescontributedtheidentification assignment of8 areasfollows： chromosomes．Theresults major 1．Constructionand offosmidin characterization libraryZhikong scallop Thefirst fosmid Wasconstructedinthis consists