利用TRFLP技术分析微生物的多样性.pdfVIP

中国畜牧兽医学会动物微生态学分会第三届第八次学术研讨会论文集 (2006年广州) 利用T-RFLP技术分析微生物的多样性， 章戴荣，白林，周东胜 四川农业大学动物科技学院，四川雅安，625014 摘要:传统方法中对微生物多样性的研究局限于实验室纯培养法，然而，目前自然界中仅有少部分 微生物为人类所发现，此外，大部分的微生物在实验室条件下具有低培养性.本文综述了不依赖于 培养的末端限制性片段长度多态性技术 (TRFLP)分析微生物多样性的原理和优点，并列举它的应 用实例，且针对TRFLP局限性浅述相关对策.在条件许可的情况下，尽可能将TRFLP法和其他方 法结合起来能够获取较为全面的微生物多样性信息.’ 关键词:TRFLP，微生物多样性，16SrRNA基因，非培养方法 AnalysisofMicrobialDiversiytbyTerminalRestrictionFragmentLengthPolymorphism Abstract:Researchesonmicrobialdiversityareconfinedtopureculture-dependentmethodstraditionally. Currently,onlyaminorpartofthediversityofmicroorganismsinnatureisknown,Inaddition,mostofthe microorganismsinnaturalhabitatsareprobablynotcultivableundertheconditionstypicallyused.Inthe paper,theprincipleandadvantagesofTRFLPusedtoanalyzemicrobialdiversity,whichis culture-independent,wassummarized.TheapplicationofTRFLPwasalsointroduced.Toaimdirectlyat pitfallsofTRFLP,relatedstrategiesweredescribedsimply.Inpossiblecondition,muchbetterresultswill beobtainedifTRFLPisconbinedwithothermethods. Keywords:TRFLP microbialdiversity,16SrRNAgene,culture-independentmethod 所谓微生物多样性，即是指在一个集合群落中，众多不同类型微生物的变化及他们之间相对的 丰度。物种丰度 (即群落中物种的数量)和物种均匀度 (即群落中物种种群量的大小)是研究群落 结构及微生物多样性的两个最基本参数.地球上微生物数量极其庞大，据估计，土壤中原核生物的 数量约为2.6x1016个细胞，含有的N,P与陆生植物相当。土壤微生物的种类也极其繁多，估计每 lg土壤约有4x103_4x104个种，全球仅细菌种类数就可达10^50万之多。如此巨大的生物群体和 它们快速的生长率产生了极大的遗传多样性，构成了地球上生物遗传多样性的大部分。传统方法中 对微生物多样性的研究局限于实验室纯培养法，然而使用传统微生物学培养技术对不同生境微生物 可培养性低的测定来看，海水中微生物的可培养性约为0.001%-0.1%，淡水约为0.25%，土壤约为 0.3%，活性污泥为1%^-15%左右.Suau等 (1999)的研究结果也表明，人类肠道中60%^-80%的微 生物不能培养.事实上，目前自然界中仅有少部分微生物为人类所发现，此外，大部分的微生物在 实验室条件下具有低培养性。叶姜瑜等 (2005)对微生物可培养性低的原因做了较全面的解释，细 菌共同协作的自然生存方式的崩溃、生境的极度营养变化和生态位巨变等是微生物可培养性低的主 要生态学原因.最近20.30年间，以核酸分析技术为主的分子生物学技术，如PCR,RFLP,RAM, DGGE,TGGE,AFLP,SSCP,SSR等的广泛应用，为从基因水平揭示微生物多样性提供了新的方 法论，使我们不必培养微生物，而直接通过对环境微生物中的遗传物质的研究来达到目的。这些非 培养方法避免了经典微生物技术在多样性研究中的极限以及由此引起的种群丢失、种群结构不清等 弊病，可以更可靠、更直接的反应微生物在生态系统中的原始构成情况，它们与传统的分离培养方 *作者简介:章戴荣((1