未知细菌病原体毒力、重组筛查体系研究.pdf

目录 缩略词表4 菌属中英文对照表5 摘要6 Abstract9 第一章 前言 14 1.未来可能出现的未知病原体 14 2. 已知病原体的实验检测鉴定方法 15 3.未知病原体的筛查体系研究分析 16 4.论文的研究内容和创新点 18 4.1 论文的研究内容及技术路线 18 4.2 论文的创新点22 第二章 致病菌毒力因子的系统分析研究23 1.概述23 2. 毒力因子的定义24 3. 现有致病菌毒力因子的系统分析研究25 3.1 数据集25 3.1.1 现有毒力因子数据库的比较分析及其毒力因子数据收集25 3.1.2 非致病菌蛋白质数据库的构建27 3.2 方法28 3.3 结果29 3.3.1 致病菌特有毒力基因和共有毒力基因的鉴定29 3.3.2 致病菌毒力基因和毒力岛的关系30 3.3.3 致病菌各功能类毒力基因的统计分析31 外毒素分析33 三型分泌系统各成分分析36 四型分泌系统各成分分析37 共有毒力基因中各功能类分析38 3.4 讨论39 4.小结40 第三章 致病菌特有基因的生物信息学预测42 1. 概述42 1.1 致病菌毒力基因的实验鉴定方法42 1 1.2 致病菌毒力基因的生物信息学预测方法43 2. 致病菌特有基因的生物信息学预测44 2.1 数据集45 2.1.1 非致病菌蛋白质数据库的构建45 2.1.2 致病菌蛋白质数据库的构建45 2.1.3 数据库中细菌菌株的选取标准46 2.2 方法47 2.3 结果48 2.4 讨论48 3.小结49 第四章 致病菌特有功能基团的预测及分析50 1.概述50 2. 致病菌特有功能基团的生物信息学预测51 2.1 数据集51 2.2 方法52 2.3 致病菌特有功能基团的识别结果：52 2.4 讨论与小结60 第五章 致病菌特有基因片段的识别及其特有指纹库和特异性探针库的构建62 1.概述62 2.致病菌特有基因片段的识别62 2.1 数据集62 2.2 方法63 2.3 结果63 3.致病菌特有指纹库的构建65 3.1 数据集65 3.2 方法及结果65 3.3 对新完成测序菌株的模拟杂交检测66 3.4 结果71 4. 致病菌特异性探针库的构建71 4.1 数据71 4.2 方法71 4.3 结果73 5. 讨论与小结74 第六章 总结76