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分子进化分析——  系统发生树的构建 主要内容 分子进化分析介绍 系统发育树建立方法 系统发育树构建实例 分子进化分析介绍 系统发生（phylogeny）——是指生物形成或进化的历史 系统发生学(phylogenetics)——研究物种之间的进化关系 系统发育树（phylogenetic tree）——描述物种之间进化关系 系统发育树（phylogenetic tree）——又称evolutionary tree进化树)就是描述这一群有机体发生或进化顺序的拓扑结构。它可以用来研究不同物种间的进化关系，这一直是生物学的研究热点。 拓扑（Topology）将讨论范围内的事物之间的相互关系表示出来，将这些事物之间的关系通过图表示出来。 分子进化研究的目的 从物种的一些分子特性出发，从而了解物种之间的生物系统发生的关系。 通过序列同源性的比较进而了解基因的进化以及生物系统发生的内在规律 系统发生树结构 树的每一条线叫做一个分支(branches) 在分支的末端的部分称之为分类(taxa) 或运筹分类单位 （operational taxonomic units） 两个临近的分支的连接处称为节点（node）,表示推断祖先的现存类群在树最底部的分支点成为根节（root node）, 一个单一的共同的祖先被定义为进化支（clade）或者单源群（monophyletic group） 树的分支模式被成为拓扑结构（tree topology） 系统发育树建立方法 NCBI——BLAST——输入序列对比——记录好以下几方面： 名 称： Uncultured bacterium clone YU201H10 序列号： FJ694683 /FJ694514 文 献： TITLE Circumpolar synchrony in big river bacterioplankton 序列长度：353 相 似 比： 99% 核酸序列 分类地位 打开软件clustalx CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。 序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。 Clustalx比对结果是构建系统发育树的前提 具体步骤 根据需要，选定要比对的菌株及相应的序列。将序列COPY至记事本 1）File Load sequences 找序列 2）Alignment Do complete alignment Align 自动生成文件于桌面（序列所 在文件夹）. . aln是所需文件 谢谢！！ * *