黄瓜RAV基因家族的全基因组分析.pdfVIP

中国蔬菜 2012（16）：15-21 CHINAVEGETABLES 黄瓜RAV基因家族的全基因组分析 1 2 3 1* 蒋伦伟 胡丽芳 袁永成 刘世强  （江西农业大学理学院，江西南昌 330045； 江西农业大学农学院，江西南昌 330045； 江西工1 2 3 业职业技术学院，江西南昌 330039） 摘 要：AP2/EREBP转录因子中的RAV 基因家族在植物的发育过程中发挥着重要的调控作用。利用 公布的黄瓜基因组数据库CuGI，发现黄瓜基因组中存在4个 RAV 基因，其蛋白序列均具有完整的AP2 和B3结构域；对黄瓜、拟南芥、水稻和葡萄RAV蛋白进行多序列联配，结果表明该基因家族具有高度 保守性；系统发生树结合基序分析发现，进化树亚族内各成员的基序组成相似；半定量RT-PCR结果显 示，4个黄瓜RAV 基因的表达广泛分布于各个组织。 关键词：黄瓜；RAV 基因；进化分析；转录因子；基因组序列 中图分类号：S642.2 文献标识码：A 文章编号：1000-6346（2012）16-0015-07 Genome-wideAnalysisofCucumberRAVGeneFamily JIANGLun-wei ，HULi-fang ，YUANYong-cheng ，LIUShi-qiang1 2 3 1* 1 hoolofSciences iangxiAgriculturalUniversity nchang330045 ngxi ina 2 hoolofAgriculture （Sc ，J ，Na ，Jia ，Ch ；Sc ， 3 Jia ，Na ，J ，Ch ；J ，Na ngxiAgriculturalUniversity nchang330045 iangxi ina iangxiIndustryPolytechnicCollege nchang 330039，Jiangxi，China ） Abstract：The RAV genefamilybelongingtoAP2/EREBPtranscriptionfactorplaysanimportant roleinplantgrowthanddevelopment．Basedonthepublisheddatabaseofcucumber（Cucumissativus L.）genomeCuGI，found4 RAV genesincucumbergenome．These4RAVproteinssequencehavea completeAP2andB3domain．AllRAVproteinscomingfromcucumber，arabidopsis，riceandgrapevine were multi-sequence aligned．The results indicated that this gene family were highly conservative. Phylogenesistreecombinedwithmotifanalysis，anddiscoveredthatthemotifofeachRAV familywithin phylogenesistreesubtribedemonstratestructuralsimilarities．Theresultofsemi-quantitativeRT-PCR analysisrevealedthat4cucumberRAV geneswereexpressedinmultipleplanttissues． y rds：Cucumissativus L.；RAV gene；Phylogeneticanalysis；Transcriptionfactor；Genome Ke wo sequence RAV是植物特有的一类含有AP2（APETALA2）结构域和B3结构域的转录因子（Kagaya etal