第九章 蛋白质结构预测序列分析软件资料.docxVIP

蛋白质结构预测和序列分析软件蛋白质数据库及蛋白质序列分析第一节、蛋白质数据库介绍一、蛋白质一级数据库1、 SWISS-PROT 数据库SWISS-PROT和PIR是国际上二个主要的蛋白质序列数据库，目前这二个数据库在EMBL和GenBank数据库上均建立了镜像 (mirror) 站点。SWISS-PROT数据库包括了从EMBL翻译而来的蛋白质序列，这些序列经过检验和注释。该数据库主要由日内瓦大学医学生物化学系和欧洲生物信息学研究所(EBI)合作维护。SWISS-PROT的序列数量呈直线增长。2、TrEMBL数据库：SWISS-PROT的数据存在一个滞后问题，即把EMBL的DNA序列准确地翻译成蛋白质序列并进行注释需要时间。一大批含有开放阅读框(ORF) 的DNA序列尚未列入SWISS-PROT。为了解决这一问题，TrEMBL(Translated EMBL) 数据库被建立了起来。TrEMBL也是一个蛋白质数据库，它包括了所有EMBL库中的蛋白质编码区序列，提供了一个非常全面的蛋白质序列数据源，但这势必导致其注释质量的下降。3、PIR数据库：PIR数据库的数据最初是由美国国家生物医学研究基金会（National Biomedical Research Foundation, NBRF）收集的蛋白质序列，主要翻译自GenBank的DNA序列。1988年，美国的NBRF、日本的JIPID（the Japanese International Protein Sequence Database日本国家蛋白质信息数据库）、德国的MIPS（Munich Information Centre for Protein Sequences摹尼黑蛋白质序列信息中心）合作，共同收集和维护PIR数据库。PIR根据注释程度(质量)分为4个等级。4、 ExPASy数据库：目前，瑞士生物信息学研究所（Swiss Institute of Bioinformatics, SIB）创建了蛋白质分析专家系统（Expert protein analysis system, ExPASy ）。涵盖了上述所有的数据库。网址：我国的北京大学生物信息中心() 设立了ExPASy的镜像（Mirror）。主要蛋白质序列数据库的网址SWISS-PROT?? /sprot或?? /expasy_urls.htmlTrEMBL /sprotPIR?? /pirwwwMIPS——Munich Information Centre for Protein Sequences????????? http://mips.gsf.de/JIPID——the Japanese International Protein Sequence Database已经和PIR合并ExPASy 二、蛋白质结构数据库1、PDB数据库：实验获得的三维蛋白质结构均贮存在蛋白质数据库PDB(Protein Data Bank)中。PDB是国际上主要的蛋白质结构数据库，虽然它没有蛋白质序列数据库那么庞大，但其增长速度很快。PDB贮存有由X射线和核磁共振(NMR)确定的结构数据。2、NRL-3D 数据库：NRL-3D（Naval Research Laboratory-3D）数据库提供了贮存在PDB库中蛋白质的序列，它可以进行与已知结构的蛋白质序列的比较。3、HSSP数据库：对来自PDB中每个已知三维结构的蛋白质序列进行多序列列线(multiple sequence alignment)同源性比较的结果，被贮存在HSSP(homology-derived second structures of proteins)数据库中。被列为同源的蛋白质序列很有可能具有相同的三维结构，HSSP因此根据同源性给出了SWISS-PROT数据库中所有蛋白质序列最有可能的三维结构。4、 SCOP数据库：要想了解对已知结构蛋白质进行等级分类的情况可利用SCOP(Structural classification of proteins)数据库，在该库中可以比较某一蛋白质与已知结构蛋白的结构相似性。5、 CATH 数据库：CATH(Class, Architecture, Topology and Homologous superfamily)是与SCOP类似的一个数据库。蛋白质结构数据库网址PDB /pdb (美国) http://www.ebi.ac.uk/pdb (欧洲) NRL-3D /pirwww/dbinfo/nrl3d.htmlHSSP http://www.sander.ebi.ac.uk/hssphttp://www.cmbi.kun.nl/gv/hsspSCOP http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk