植原体16S rDNA RFLP指纹图谱分析软件研究.pdfVIP

植物病理学报 ACTAPHYTOPATHOLOGICAS1NICA 40(5)：522—529(2010) 植原体 16SrDNA RFLP指纹图谱分析软件研究 牟海青 ，赵文军 ，邓中亮 ，朱水芳 (中困检验检疫科学研究院，北京 100025；北京邮电大学 电子工程学院，北京 100876) 摘要：植原体是一类寄生于植物韧皮部的原核生物。日前国际上主要根据植原体 16SrDNARFLP图谱的比对进行分类 及鉴定。传统的PCR—RFLP试验步骤繁琐、重复性差 ，误差大，尤其存检测鉴定大量植原体病原时，耗时、耗力。通过对 目 前 已公布的全部植原体 16SrDNA序列进行比对整理，并生成 16SrDNARFLP电子指纹 图谱库。在此基础上开发了指纹 图谱分析软件DNA—FPCluster1．0。该软件可基于序列或图谱形式进行比对 ，并 自动输 比对结果。结果呈现形式为3种： 即一种 16SrDNARFLP图谱与多种图谱 相似性分析；多种 16SrDNARFLP图谱问相似性分析；16SrDNARFLP图谱间 相似度树状图。该软件在不需要酶切试验操作的情况下实现了对植原体的快速分类与鉴定，并解决了因植原体材料不全 而无法进行植原体酶切后比对的难题，为今后植原体候选种内的细化分类提供了方法与T具。 关键词：植原体；分类；RFLP网谱；聚类分析软件 One softwareof16S rDNA RFLPfingerprintpatternanalysisforphytoplasmaidenti— fication MOUHai—qing，ZHAOWen-jun，DENGZhong1iang，ZHU Shui—fang (ChineseAcademy ofInspectionandQuarantine，Beijing100025，China；SchoolofElectronicEngineering，BeUingUniversityofPostsandTele— communications，Beijing100876，China) Abstract：Phytoplasmaiswall—lessprokaryoteandparasitizesinphloem ofplant．16SrDNA RFLPisacorn— monmethodforphytoplasmaclassificationandidentification．However，conventional16SrDNA RFLPexperi— mentispoorrepeatability，low accuracyandtime—consumingwhenlargesamplesneedtobeidentified．Inthe study，astandard 16SrDNA RFLP fingerprintlibrary wasaccomplished based upon alltheI6S rDNA se— quencesofphytoplasmaonline(tillDec15，2008)．OneDNAfingeprrintclusteringsoftware(DNA—FPClus— ter1．0)wasdesigned，whichcouldcompareRFLPpatternandcalculatedthesimilaritycoefficientofphyto— plasma16SrDNA RFLPwithhighthroughput．SequenceorRFLPpatterncouldbecomparedwithonetoone， onetomoreormoreto moreformats．W ith thissoftwrae phytoplasmacan be identified rapidly and easily basedupon the16S rDNA sequenceswithoutrestriction analysisand ohterrelative phytoplasma materials． DNA—FPCluster1．0 significantlyimprovestheeffi ciencyandveracityofphytoplasmaidentification． Keywords：phytoplasma；classify；RFLPpattern；clusteringsoftware 中图分类号：$432．1 文献标识码 ：A