分子生物学2009-2.pptVIP

分子生物学 杨孝朴 第二章 DNA的结构 1. DNA的右手双螺旋结构 在20世纪50年代初，有关DNA的结构已积累了不少资料。碱基分析表明，不同来源的DNA中总是A等于T，G等于C，即A/T=G/C=1，而[G+C]/[A+T]的比例却显示出很大的差别。DNA纤维的X-射线衍射图则指出，其中的原子沿长轴存在0.34nm和3.4nm两种周期，这提示分子可能具有螺旋构象。1953年Watson和Crick提出了DNA的双螺旋结构模型，合理的解释了上述现象。此模型描述的是B-DNA钠盐在一定湿度（相对湿度92%）下的结构。 B-DNA的特征 ①由两条反平行的脱氧多核苷酸链围绕同一中心轴构成的右手双螺旋结构。 ②在多核苷酸链中，脱氧核糖通过磷酸二酯键构成了主链。主链是亲水的，排在螺旋体的外侧，脱氧核糖环的平面与中心轴平行。这是DNA分子的骨架，是各种DNA分子都相同的部分。沿中心轴分布着四种碱基，碱基是疏水的，排在螺旋体的内侧。 ③多核苷酸链的方向是由核苷酸间的磷酸二酯键的走向决定的，一条从5ˊ→3ˊ，另一长从3ˊ→5ˊ。 ⑤两条链上的碱基以氢键相联，A与T配对，G与C配对，碱基杂环上的氧呈酮基，氮呈氨基，从而使相互之间形成氢键，A与T以两个氢键相联，G与C以三个氢键相联。碱基的平面与中心轴垂直，而且螺旋的的轴心穿过氢键的中心。 ⑥相邻碱基平面之间的距离为0.34nm，每一圈螺旋含10个碱基，它在中心轴上的距离为3.4nm。双螺旋的直径为2.0nm。0.34nm相当于碱基环的厚度，这表明碱基对是紧密堆积的，相互之间存在着堆积力。正是DNA双螺旋链中碱基间的疏水作用、碱基间的氢键和堆积力使DNA形成稳定的双螺旋结构。 B-DNA的双螺旋结构很稳定，但不是绝对的，它在环境中不停地运动，如室温下DNA溶液中有部分氢键断开，造成这些部位结构多变。水溶液及细胞中天然状态DNA大多为B-DNA，但若湿度改变（如相对湿度低于75%时）或由DNA钠盐变为钾盐、铯盐等则会引起构象变化，形成A-DNA、C-DNA等构象。 在核酸的右手螺旋中，螺旋盘绕的松紧程度受DNA分子内力的影响，若B-DNA盘绕过紧，则会变构为A-DNA。在纯化DNA时，采用乙醇沉淀法，在整个过程中大部分DNA由B-DNA经过C-DNA，最终变成A-DNA。由于它是B-DNA拧得更紧的状态，所以它在二级结构上发生了比较明显的变化。 B-DNA的碱基对平面与双螺旋的轴线呈垂直状态，而A-DNA的碱基对平面与轴线之间呈20°倾角。A-DNA的轴心不再穿过碱基对之间的的氢键中心，而是位于碱基对之外。这一偏轴心结构主要是由于DNA 片段中核苷酸亲水—疏水性改变所致。B-DNA每一螺旋含有10个碱基对，而在A-DNA中则含有11个碱基对。B-DNA双螺旋中，在大沟、小沟的深度是相差不太大，只是大沟较宽。变成A-DNA后，大沟变窄、变深，小沟变宽、变浅。 由于大沟、小沟是DNA行使功能时蛋白质的识别位点，所以由B-DNA变为A-DNA后，蛋白质对DNA分子的识别也发生了相应变化。 DNA脱水时由B-DNA变成A-DNA，DNA分子中的一条被相应的RNA所取代时，形成的DNA-RNA双螺旋也是A型结构。所以，当DNA处在转录状态时，DNA模板与由它转录所得的RNA形成的双链就是A型构象。由此可见A-DNA构象对基因表达具有重要意义。此外，由两条RNA链形成的双螺旋结构也是A型构象。 除A-DNA和B-DNA螺旋结构外，还存在着Bˊ-DNA、C-DNA、D-DNA等双螺旋结构。各种右手双螺旋DNA的结构参数如下： 2. 左手双螺旋DNA Z-DNA是1979年由Rich提出的。Rich在对d（CGCGCG）结晶进行X-射线衍射分析后提出了Z-DNA结构模型。左手螺旋的Z-DNA是对右手螺旋结构模型的一个补充和发展，现已证明细胞内的B-DNA中有时会存在一小段Z-DNA螺旋结构。 Z-DNA有如下结构特点： ①Z-DNA是左手螺旋，每个螺旋含12个碱基对，比A-DNA拧得更紧。 ②双螺旋中不存在深沟，只有浅沟。 ③双螺旋的轴心也在碱基对之外，即轴心不穿过碱基对之间的氢键。 ④Z-DNA中磷酸二酯键的连接不再呈B-DNA中的光滑状，而是呈锯齿状，这就是Z-DNA名称的由来。 ⑤Z-DNA中的碱基对不像B-DNA中那样位于双链的中央，G碱基的第8个碳位于双链之外（在B-DNA中，糖、磷酸键覆盖了C8位置）。由于Z-DNA上几乎不存在易被蛋白质识别的沟，Z-DNA可能借助于双链分子外围的G碱基与化学物质发生识别反应。 B-DNA是活性很高的DNA构象，B-DNA变构为A-DNA后，仍有活性，但若局部变构为Z-DNA后活性明显降低。 Z-DNA在天然DNA中的存在表明它应有自己独特的功能