长牡蛎（Crassostreagigas）EST串联重复序列的组.PDFVIP

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2017-06-16 发布于江苏
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长牡蛎（Crassostreagigas）EST串联重复序列的组.PDF

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长牡蛎（Crassostreagigas）EST串联重复序列的组

(Crassostrea gigas)EST 1,2 1 1 , , (1. , 266071; 2. , 100049) 摘要: 长牡蛎(Crassostrea gigas) 串联重复序列分析研究较少, 为了研究其在基因组转录本的基本结构特征并为长牡蛎中遗传多样性研究中提供有益的信息, 利用 NCBI 公共数据库中的 57 139 条长牡蛎 ESTs 序列对串联重复序列结构类型、分布、丰度等进行系统比较分析。分析结果表明: 1) 长牡蛎 EST 中共有小卫星串联重复序列 8 392 个, 在大于 100 bp 重复类型中, 162~167bp 含量最高; 2)长牡蛎 EST SSR 含量丰富, 1 954 个位点是EST-SSR 标记开发的候选资源; 3)EST-SSR 重复数目和重复类型在 5′UTR, CDS 和 3′UTR 具有显著差异, CDS 区承受更大的选择压力。关键词: 长牡蛎(Crassostrea gigas); EST; 串联重复序列; SSR; 选择压力中图分类号: Q954 文献标识码: A 文章编号: 1000-3096(2011)04-0009-06 (Crassostrea gigas), , 2009 11 1 , NCBI , 57 139 ESTs, 57 139 EST , , EST , , , [1-4], SSR cDNA [5-6] EST , , , SSR 1~200 , , , [7] 1 材料与方法 , (Simple sequence repeat, 1.1 长牡蛎 EST 序列的下载和预处理 SSR), [8-9] [10] NCBI 57 139 ESTs(2009- 11-01), 100 bp UniVec , NCBI (/VecScreen/UniVec.html) EST(Expressed sequence tags, , 3’PolyA , )EST cDN