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第一章 Diamond 3 界面选项的功能介绍 在本章中我们首先介绍一下一个典型的diamond 3界面上所有选项的基本功能。 一个典型的diamond 3 的界面 打开C:\Program Files\Diamond 3\Tutorial\文件夹中的pyrene.cif文件（上图所示）。 第一节File菜单系列 1.1 File菜单简介 File菜单系列，包括Windows系统常规的几种选项（如图 2 所示。） 图1.2 File菜单系列 1.2 常用选项 1.2.1Open 选项 点击该选项，可以看到diamond 3 可以打开的所有文件类型（如图3所示）。 图1.3 Diamond 3 支持的阅读格式 前三项是该公司开发的Diamond 及Endeavour软件的默认格式。其中Cif文件格式最为通用。ICSD/Crystin及CSD-FDat是两个晶体学数据库输出的文件格式。Protein Data Bank格式表示支持蛋白质晶体数据库文件。常用的格式还包括笛卡儿xyz座标格式，这在构建特殊结构模型时极为便利，比如我们会在后面章节中提到的螺旋体的构建。 1.2.2 Save 选项 这里默认的保存格式是Diamond 3 Document （*.diamdoc）格式。 1.2.3 Save as选项 共包括三个次级选项： 图1.4 Diamond 3 Save as的三个次级选项 在实际应用中，前两项功能相似，我们以Save Document As为例进行介绍： Save Document As提供14种文件格式： 图1.5 Diamond 3 支持的14结构储存格式 前三项为该公司开发的结构文件格式，常用的为第一项*.diamdoc。通常在我们处理一个较为复杂的结构时，一次无法完成或者以后仍需要修改时，必须保存成该格式。该格式详细保留了您的一切设置（分子模型的模式、原子的半径颜色、键长等），demo版不提供该格式的保存。其它格式则通常并不实用。需要指出的是，有时为了统计自建模型（比如在抽象拓扑结构时，统计两种或多种拓扑类型的比例）中原子的个数及比例，可以保存为cif格式。 图1.6 Diamond 3 支持的6种图片储存格式 Save Graphic As: 本功能提供了图片保存功能，共包含了6种图片格式。我们通常需要使用的是bmp格式（位图格式，文件通常较大，在word中缩放会导致分辨率降低）、jpg格式（文件较小，在win office软件中可以任意缩放而不改变分辨率）、tif格式（是很多杂志要求的图片格式，易于编辑和处理）。为实现diamond与3D Max软件的交叉使用，还需要掌握另外一种文件保存格式，即wrl格式，该格式也保留了创作者构建的所有信息，而不只是结构单元。 第二节 Edit菜单系列 2.1 Edit菜单简介 Edit菜单主要包括结构及其模式类型的选择、复制和粘贴 图2.1 Edit菜单主要选项 2.2 常用功能 2.2.1 Undo与Redo 典型的windows界面选项，不需要过多说明，只是要注意，在计算机内存较小而图片由异常复杂时，可能造成死机。 2.2.2 Copy及Paste 选项 本功能提供了两种功能 复制屏幕所显示的图片，可以粘贴在其它文档中，比如常用的office文档中。 图2.2 Copy 选项的结构复制功能 （2）复制屏幕显示的结构包括各种详细信息，粘贴到另一个打开的diamond 3 文档中，该功能可以实现结构的对接，但是必须要注意的是不同结构可能由于空间群的不同无法实现对接，这是可以采用如下的方法： 新建一个空文档打开C60结构文件：调解两个窗口的大小以适合显示：直接复制C60结构，粘贴到pyrene文档中，无法实现，相反的复制-粘贴过程也被警告无法进行。提示如下（图2.3）： 图2.3 结构复制时对称操作信息必须考虑 图2.4结构复制时消除对称操作 通过对pyrene文档StructureRemove Translational Symmetry（图2.4）消除了对称操作后，选择，复制并粘贴C60结构，得到如下结果： 图2.5 结构的对接 很明显，这时新的结构并没有任何对称操作，需要增加对称操作。那么，反过来，将消除了对称操作的pyrene粘贴到C60文档中，仍然不被允许。对接的技巧，读者可以自己试验，这样不必在设计结构时一个一个原子的输入，大大节省了我们的时间。Paste 选项仅仅能实现结构的粘贴，并不能实现外部数据（如图片或结构）的导入。 2.2.3 Copy Style及Paste Style选项： 该选项可以实现将某些设定好的类型选项直接通过类似Word 中格式刷的功能进行类型更换。操作起来可以首先选择某个原子或键，然后点击Copy Style，然后再