第二章 NCBI^PubMed^PubMed.pdf

生生命命奥奥秘秘 wwwwww..lliiffeeoommiiccss..ccoomm 《核酸研究》2 009数据库专刊收 录数据库1170个，其中详细介绍了179 个通用及专用数据库，包括其详尽描述 和访问网址，其中95个数据库为首次报 道。 《生命奥秘》本月专题将以 《核 酸研究》所介绍的数据库为基础，按照 通用、热点、特色以及应用原则从中选 取了部分数据库，如NCBI、UniProt 、 Ensembl 、UCSC GDB等，并详细介 绍其用途和所采用的方法，以期能抛砖 引玉。 读者可在 《核酸研究》网站 （http://nar.oxfordj /content/vol37/suppl_ 1/index .dtl ）获得完整 的数据库列表及其摘要。 一 综合数据库 NCBI数据库集 美国国立生物技术信息中心 （National Center for Biotechnology I nf o r m a t io n ），即我们所熟知的 N C B I 是由美国国立卫生研究院 （NIH ）于19 88年创办。创办NCBI 的初衷是为了给分子生物学家提供一 个信息储存和处理的系统。除了建 有Ge nBa nk核酸序列数据库 （该数 据库的数据资源来自全球几大DNA 数据库，其中包括日本DNA 数据库 图片来源：NCBI DDBJ 、欧洲分子生物学实验室数据 库EMBL 以及其它几个知名科研机构）之外，NCBI还可以提供众多功能强大的数据检索与分析工具。目 前，NCBI提供的资源有Entrez 、Entrez Programming Utilities、My NCBI、PubMed、PubMed Central、 Entrez Gene、NCBI Taxonomy Browser、BLAST 、BLAST Link (BLink)、Electronic PCR等共计36种功 能，而且都可以在NCBI的主页上找到相应链接，其中多半是由BLAST功能发展而 来的。 1 NCBI最新进展 1.1 PubMed搜索功能的增强 去年，NCBI对PubMed进行了几项改进工作，改动最大的是搜索界面和摘要浏览界面。其中，搜索界面 中新增了 “Advanced Search”选项 （这实际上是对以往 “Limits ”和 “Preview/ Index ”功能的整合），并 22 且增加了一个新的窗口，用户可以在此窗口下通过 “论文作者名”、 “论文所属杂志名称”、 “论文出版日 期”等限定条件进行搜索。而且， “论文作者名”和 “论文所属杂志名称”还设有文本框自动填充功能。现 在，在PubMed数据库中进行文本搜索的同时还可以立即通过两个 “内容传感器 （content sensors ）”进行 分析。一个 “内容传感器”是根据作者姓名、所属杂志名称或杂志名缩写、出版日期、卷号或刊号等信息进 行分析，然后将符合条件的搜索结果排列到结果列表的顶端。另一个 “内容传感器”是根据文章是否