小麦est数据批量分析平台的构建与应用 - 麦类作物学报.pdfVIP

麦类作物学报 　2006 ,26 (3) :146～151 J ournal of Triticeae Crop s 小麦 EST 数据批量分析平台的构建与应用 1 , 2 2 2 2 1 庞晓斌 ,毛新国 ,景蕊莲 , 昌小平 ,李彦舫 ( 1. 吉林大学植物科学学院 ,吉林长春 130062 ; 　2 . 中国农业科学院作物科学研究所 ,农作物基因资源 与基因改良国家重大科学工程 ,农业部作物种质资源与生物技术重点开放实验室 ,北京 100081) 摘 　要 : 为进行 EST 数据批量分析 ,构建了 EST/ cDN A 序列数据高通量 、自动化分析平台。该平台基 于 Linux 操作系统 ,主要由一些免费软件和 p erl 程序构成 ,具有自动组装 EST 序列 、查找同源基因、注释基因 功能 , 同时具有进行基因分类等功能 。利用该平台对小麦水分胁迫诱导表达的 5 个 cDN A 文库的 6 733 条 EST 序列进行全面分析 ,初步建立了小麦水分胁迫诱导的基因表达谱 。检测结果表明 ,小麦 EST 数据批量分 析平台为批量 EST 序列的生物信息学分析提供了实用 、便捷工具 。 　　关键词 :小麦 ; EST 数据 ;批量分析 ;生物信息学 ;水分胁迫 ;cDN A ( ) 　　中图分类号 :S 5 12 . 1 ; S 325 　　　　文献标识码 : A 　　　　文章编号 :1009104 1 2006 030 14606 Construction and Appl ication of Wheat EST Sequences Analysis Platf orm PANG Xiaobin1 , 2 , MAO Xinguo2 , J ING Ruil ian2 , CHANG Xiaoping2 , L I Yanfang1 ( 1. College of Plant Science , J ilin U niver sit y , Changchun , J ilin 130062 , China ; 2 . National Key Facilit y for Crop Gene Resources and Genetic Imp rovement , Key L aboratory of Crop Ger mplasm Biot echnology/ t he Mini st ry of Agricult ure , In stit ut e of Crop Sciences , Chinese Academy of Agricult ural Sciences , Beij ing 100081 , China) Abstract : A high t hrou ghp ut p latfor m for EST/ cDN A sequence dat a analy si s wa s co n st r uct ed ba sed on Linux op eration sy st em , w hich included a few f ree soft ware and p erl scrip t . A serie s of analy si s coul d be auto matically done on t he p latfor m , such a s sequence a ssemble , Bla st , EST f unction annot a tion and f unctional gene s cla ssificatio n . U sing t he p latfor m , 6