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复杂疾病的基因检测技术 西北大学预防基因组医学研究所 陈尔飞 测序与检测 基因测序 满足高通量、高效率、高覆盖度 (序列组成) 基因检测 精准、明确的目标片段、个体差异（功能解释） 基因检测 SNP检测 甲基化检测 基因表达检测 SNP 的特点 SNP在整个基因组达上千万, 密度比微 1. 密度高 卫星标记更高, 可以在任何一个待研究基因的内 部或附近提供一系列标记。 某些位于基因内部的SNP 有可能直接影响蛋白 2. 代表性强 质结构或表达水平 与微卫星等重复序列多态性标记相比, SNP 具有 3. 高度稳定性 更高的遗传稳定性 SNP的复等位基因性，即两种等位基因结果便 4. 易自动化 于数据整理 SNP经典检测方法 限制性片段长度多态性法 (RFLP) 单链构象多态性法 (SSCP) 等位基因特异性PCR(AS-PCR) 变性梯度凝胶电泳(DGGE) ... ... 高通量时代的检测方法 1. DNA测序法 2. 基因芯片法 3. 质谱法 4. 变性高效液相色谱法 5. TaqMan探针法 理想的SNPs检测方法 ——检测已知的SNPs ，发现未知的SNPs。 (1) 灵敏度和准确度的要求（反应原理严紧） (2) 快速、简便、高通量 (操作和分析的自动化程度高） (3) 费用相对低廉 现状： 还没有一个符合以上条件的理想方法,但根据实际情 况,可以选择出较合适方法。 DNA测序法 测序技术的历史进程 第1 代测序技术——荧光标记Sanger 法 第2 代测序技术——循环阵列合成测序法 第3 代测序技术——单分子测序法 DNA测序法 第1 代测序技术 ——荧光标记Sanger 法 DNA测序法 双脱氧链终止法 放射性标记的4种dNTP 混合底物中的一种 每次将一种2′3′-双脱氧核苷酸(ddNTP)掺入到 底物混合反应液中参与DNA链的合成 设计4 组相互独立的聚合反应分别得到不同末端终 止的合成片段产物 通过聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分离，放射自显影 检测获取核苷酸序列。 DNA测序法 5´ CTGACTTCGACAAACAA 3´未知序列的单链DNA Klenow酶 dNTP ddATP ddCTP ddTTP ddGTP ddG ddG