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第27卷第1期 计 算 机 学 报 v乩27N。．1
1竺!兰!旦 星里!些曼!三!皇坚里堡垒兰竺!篁望兰竺坚三兰里! !!!：!!!!
汪 冬 唐志敏
中国科学院计算技术研究所北京100080
摘要smith—waterman算法是一种经典的序列比对算法，在双序列比对的情况下具有比较好的性能．但是在大
规模的序列比对时，其性能并不能令人满意．脉动式阵列和smith—waterman算法有比较好的吻合性．该文通过在
龙芯】号处理器上附加一个脉动式阵列的侨处理器，构建了硬件模型通过模拟器的验证，附加了协处理器的龙芯
l号的性能与没有附加协处理器时的性能之比接近于线性．该文最后根据硬件模型和模拟器的性能数据，具体分析
丁系统各个方面对性能提高的影响．
关键词脉动式阵列；共享寄存器；序列比对；Smnhwaterman算法
中图法分类号TP302
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AlgorithmSystolicArray
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