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基因芯片数据分析 1. 基因芯片(Microarray)简介 2. 图像处理与数据标准化 3. 基因芯片的数据分析 1. 基因芯片简介 基因芯片 (1987): 固定有寡核苷酸、DNA或cDNA等的生物芯片。利用这类芯片与标记生物样品进行杂交，可对样品基因表达谱生物信息进行快速定性和定量分析。 高通量、点阵以及Northern杂交 同时测定细胞内数千个基因的表达情况 将mRNA反转录成cDNA与芯片上的探针杂交 芯片的体积非常小：微量样品的检测 基因表达情况的定量分析 生物芯片的基本要点 A. 按技术手段、探针类型分类 1. Short oligonucleotide arrays (Affymetrix) 2. cDNA arrays (Brown/Botstein) 3. Long oligo arrays (Agilent) 4. Serial analysis of gene expression (SAGE) B. 按实验要求分类 1. 单通道 (Single Channel): 一次检验一种状态 2. 双通道 (Dual Channel): 差异表达基因的筛选 (1). cDNA microarrays: 将500~5,000bp的cDNA固载到介质上 (例如玻璃)。Stanford开发设计，通常为双通道，常用于差异表达基因的筛选。 (2). DNA chips: 将寡核苷酸探针 (20~80-mer) 合成到芯片上。Affymetrix开发设计，通常为单通道，一次检验一种状态 。 探针长度：25 bp 每个基因：22-40个探针 Perfect Match (PM) vs. MisMatch (MM) probes 三、基因芯片数据分析 1. 基因芯片(Microarray)简介 2. 图像处理与数据标准化 3. 基因芯片的数据分析 2. 图像处理与数据标准化 对于每个点，可以计算 Red intensity = Rfg - Rbg fg = foreground, bg = background, and Green intensity = Gfg - Gbg and combine them in the log (base 2) ratio Log2( Red intensity / Green intensity) Green intensity (medium): ~1 1. 图像分析 2. 扫描 3. DNA杂交过程 (温度、时间、混合均匀程度等) 4. 探针的标记 5. RNA的抽提 6. 加样 7. 其他 运用哪些基因进行标准化处理 芯片上大部分基因(假设芯片上大部分基因在不同条件下表达量相同) 不同条件间稳定表达的基因(如持家基因) 控制序列(spiked control ) 合成DNA序列或外源的DNA序列，在不同条件下表达水平相同。 三、基因芯片数据分析 1. 基因芯片(Microarray)简介 2. 图像处理与数据标准化 3. 基因芯片的数据分析 3. 基因芯片的数据分析 (1) 差异表达基因的分析 (2) 基因共表达分析 (3) 基因表达数据的聚类 (4) 基因表达数据的分类 (5) Map to GO (6) Gene regulatory network (1) 差异表达基因的分析 差异表达基因的分析: 寻找处理前后表达上调或者下调的基因 Are the treatments different? 使用标准的统计学方法检验 (t-test or f-test)，发现统计显著性差异表达的基因， 如果处理本身并不显著，则结果无意义 Fold change, 一般2-fold increase or decrease (平行实验的样本较少) p-value (平行实验的样本较多) T-test: 学生分布 Excel函数：TTEST(array1,array2,tails,type) Array1为第一个数据集 Array2为第二个数据集 Tails指示分布曲线的尾数。如果 tails = 1，函数 TTEST 使用单尾分布。如果 tails = 2，函数 TTEST 使用双尾分布 Type为 t 检验的类型 1 成对 2 等方差双样本检验 3 异方差双样本检验 一般选择双尾分布 异方差双样本检验 Excel函数：=TTEST(B2:D2,E2:G2,2,3) C：对照组；T：实验组 (2) 基因共表达分析 在N个不同的条件下 (时间序列的芯片数据)，考察基因X和Y的表达是否相似。 Gene 1#是否与Gene 2#、Gene 3#和Gene 4#共表达？ 共表达： 正相关：相似的表达谱，可能存在正关联 负相关