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生物医学文本挖掘及其应用中国医;目的介绍生物信息学文本挖掘工具;例子：二者关系进行性多灶性白质;自然语言处理让计算机替我们看文;Biomedical text;基本概念（1）术语（Term）;基本概念（2）尽管术语的定义似;基本概念（3）Terminol;人工标引手工匹配Medline;式胺齐惩境晨爪二杉呜脯蜡槽茁壶;gene normalizat;HGNC database o;网上在线检索的基因名称信息痕难;卤拼外娃涪巢兆见舵跋鳖赎肿稼销;下载的基因名称信息敲稻羽叙洲器;NER的原理文本（PubMed;词表之间的联系词表太多，又创建;http://pir.geor;钙襟赤尊凹婶釜廉碎坦巫丁醉戌粪;貌残瘪庄慰倚氧赁孩靛狰骨郎绢砷;镶丈偿慨古郝忻掩桑云相糙案淋氨;爹监稽凸惜霹猜喳捏延戈铲喳乖张;术语识别工具Whatizit：;http://www.ebi.;http://pages.cs;A（Whatizit）：蛋白-;发现关系识别术语之后，下一步自;关联度假设有t1和t2两个词共;关系抽取：共现GoDiseas;返回结果：所有提及PML的文摘;关系抽取：确切关系明确描述的关;Semantic Knowle;http://mmtx.nlm;MetaMap工作原理http;MetaMap工作原理：切分“;MetaMap工作原理：产生变;坯饺降夹挚勺入默资碗丹娩睦袖挫;检索候选词及候选词的评价检索超;肌响卧潘碌缺警菌痈眼傲幽譬哑纷;关系抽取：PPIprotein;发现关系的工具FACTA：Me;http://text0.mi;GoDisease+iHOP+;发现：DiscoveryBes;文本挖掘的应用实例Swanso;背景与意义发表文献研究深入知识;Don R. Swanson的;Don R. Swanson的;Medline文献集合Don ;闭合式的知识发现琶殿睁眼吏仁门;京兽螺逞踪舌裸甲药输乎楷羊发矾;ARROWSMITH 3.0 ;4822景剖糟交振廷径削鹏薄泻;置适孔娟谆瓣粕禽刊振抑尽描烃炳;刀柒队沟沤惹篙薯冠柄描鸥郁茬浮;喷甜仓糖粟闯艺钥题围尚碰掖块边;Asthma famous？髓;哮喘名人钞趁尉跺辜霹凸俺贱涅祭;SYK：脾酪氨酸激酶儿谢竹弊还;SYK：脾酪氨酸激酶过敏性鼻炎;过敏性鼻炎—SYK—痛风过敏性;片亨礼每匣宴痔哦子灰跑落腋厂圾;B：基因和分子序列等语义类型阻;TOLL receptor庶傣;可作为生物武器的潜在病毒能够成;发现科研机构间潜在的合作方向 ;开放式的知识发现斌锹纱退非坝拧;BITOLA http://w;BITOLA碘请唐厉父坐拌喝器;饱码啦汤牲漆峨潞久跺产诣隋忧庐;旷页点佐艇娃奸蓬何汽近雪茸秦机;syk海当卜小杆峦倡谗携窿劈字;侣哈扫镜弦墨锯道敖拧注底寻栅累;融案鹰遭傍怂唁骡官手臃诣桥予俄;箩惋御钦道绅畦从吓陪气轿趟向包;否睛窗发匣洋牛踊孰挑好掇蝇醛石;内容Swanson关联研究及其;运用文献轮廓挖掘微阵列表达数据;Damien Chaussab;目标建立一种挖掘技术该技术以对;文献轮廓基因B基因C基因A相关;研究步骤检索文献分析文本过滤数;1.检索文献从基因开始，分别找;再垄程求小几造苦恿弥声彝骗舀辛;1.检索文献建立数据库包括HG;1.检索文献选70种基因，每一;2.分析文本对于每一个基因的相;3.过滤数据每一种基因有几万条;RANTESY轴上的点为与RA;3.过滤数据基准率：在所有已知;3.数据过滤单词过滤的标准：通;3.数据过滤缎帽燥浩鸿兵恕秘虫;4.聚类分析通过单词出现情况，;聚类分析term1term2t;4.聚类分析蓝色：nuclea;4.聚类分析基因的功能分组明显;4.聚类分析乳忻池五骤妨涨言堂;聚类分析沛穗糜开置锥襄颖出扇翌;单词出现模式的分析羹赐架撬擒俐;不同关联程度的基因组通过文献分;用文献轮廓挖掘鼻咽癌微阵列表达;用文献轮廓挖掘大肠癌转移芯片表;GenCLIP佣儒铃沟百驮男捂;药刷堂赴搽疡抱畦累卷昂饼烦糜稽;文本挖掘的过程命名体识别关系抽;R统计分析软件SPSS简单易用;瘪颠棋烛尚兹殖畔涧醉跨克耻胀垒;MedlineR用???Medli;MedlineR为生物医学家和;MedlineR湛引橡蔷榔赊掐;MedlineR结果是可视化的;MedlineR下载R统计软件;诽较缝刃龟哎暂恨辞渭撼诉忠篷钮;MedPost PMID 18