植物萜类合成酶3一羟基－3－甲基戊二酰-广西植物.PDF

维普资讯 广 西 植 物 Guihaia 26(5)：464— 473 2006年 9月 植物萜类合成酶 3一羟基-3-甲基戊二酰 辅酶 A还原酶的生物信息学分析 李 嵘，王站之 (陕西师范大学 生命科学学院，陕西 西安 710062) 摘 要；采用生物信息学的方法和工具对已在 GenBank上注册的橡胶 、烟草、辣椒 、穿心莲等植物的萜类合成 酶3一羟基一3一甲基戊二酰辅酶 A还原酶的核酸及氨基酸序列进行分析，并对其组成成分、信号肽 、跨膜拓朴结 构域 、疏水性／亲水性 、蛋白质二级及三级结构、分子系统进化关系等进行预测和推断 。结果表明：该类酶基因 的全长包括 5、3非翻译 区和一个开放阅读框 ，无信号肽，是一个跨膜 的亲水性蛋 白，包括两个功能 HMG- CoA结合 motif及两个功能NADPH结合 motif，a一螺旋和不规则盘绕是蛋白质二级结构最大量的结构元件 ， 转角和延伸链散布于整个蛋 白质中，蛋 白质的功能域在空间布局上折叠成 “V”形 ，“V”形 的两臂 由螺旋状的 N结构域和 S结构域构成，中间部分 由 L结构域构成。 关键词：植物萜类合成；3-羟基一3一甲基戊二酰辅酶 A还原酶(HMGR)；生物信息学 中图分类号 ：Q942．6，Q943．2 文献标识码 ；A 文章编号：1000-3142(2006)05-0464—10 AA biiooiinnfoorrmaattliccs：aannaall~ysiso0nn 3--_-hIIydI：1rrooxxyy-3--_- methylglutaryle—CoA reductase，flkeyenzyme in plantisoprenoidbiosynthesis LIRong．W ANG Zhe—zhi (CollegeofLifeSciences，ShaanxiNormalUniversity，Xi’an710062，China) Abstract：Inthepresentstudy，3-hydroxy-3一methylglutaryl—CoA reductasefrom rubber，tobacco，capsicum andan— drographis，whichwereregisteredinGenBank，wereanalyzedandpredictedbythetoolsofbioinformaticsinthefol— lowingaspects：thecompositionofnucleiacidsequencesandaminoacidsequences，signalpeptide，transmembranetO— pologiealstructure，hydrophobicityorhydrophilicity，secondaryandtertiarystructureofprotein，molecularphyloge— neticevolutionandSOon．Theresultsareasfollows：thefull—lengthgeneofHMGR containsanopeningreading frame。5-untranstratedregionand3-untranstratedregion；HMGR isflhydrophilicandtransmembraneproteinwhich lackofsignalpeptide；theaminoacidsequencesofHMGR includetwofunctionalHMG-CoA bindingmotifsandtwo functionalNADPHbindingmotifsthemainmotifofpredicted