中国西安电子科技大学智能生物信息处理中心分子影像研究组 - mose!.docVIP

首页 中国西安电子科技大学智能生物信息处理中心分子影像研究组 中国科学院自动化所图像处理研究组 美国弗吉尼亚理工大学VT-WFU生物医学工程与科学学院生物医学成像研究部 MOSE 光学分子影像仿真平台 手册 版本 2.1.2 更新日期：2010.12.24 Ge Wang, Ph. D., wangge@ Jie Tian, Ph. D., tian@ Jimin Liang, Ph. D., jimleung@ Nunu Ren, Ph. D. Candidate, rennunu@ 1 关于MOSE1.1 简介 光学分子像是生物医学领域中研究疾病发生发展机理的有力工具，在近二十年的研究中得到了越来越多的重视，取得了的进展。 光学分子技术根据成像维数可分为两大类：二维平面成像与三维断层成像。断层成像是由平面成像发展而来，也是目前研究的热点，扩散光学断层成像(Diffuse Optical Tomography，DOT)、激发荧光断层成像(Fluorescence Molecular Tomography，FMT)及生物发光断层成像(Bioluminescence Tomography，BLT)。断层成像由于能够对内部组织光学性质或光源性质实施更加准确的重建，在目前属于主要研究对象。光学断层成像研究中的光传输问题可分为前向问题与逆向问题两个方面。此外，根据成像的，又分为连续波(Continuous-Wave，CW)，时域(Time-Domain，TD)及频域(Frequency-Domain，FD)三种模态。这三种模态各有优缺点，针对不同的研究目的有不同的应用范围。光学分子影像技术根据差别可分为两类：接触式成像与非接触式成像。接触式通过将光纤与成像对象（介质）的表面相接触获取介质表面的出射光强信息，非接触式则是通过CCD相机在一段距离之外获取介质表面的出射光强信息。这两者各有优缺点，非接触式成像目前已经成为主流研究方向，但非接触式需要考虑光在自由空间中的传输过程，这加大了光学分子影像前向及逆向问题研究的难度。光学分子影像仿真平台（Molecular Optical Simulation Environment，MOSE）是由西安电子科技大学、中国科学院自动化研究所和美国弗吉尼亚理工大学联合研发的仿真平台，能够实现任意复杂形状生物组织及自由空间中光传输过程的仿真。目前，MOSE已基于Monte Carlo (MC)算法实现了DOT、FMT及BLT在CW、TD及FD下的前向，以及CW下的光在自由空间传输并被CCD相机探测过程的仿真。关于逆向问题的求解，目前仍处于研究中，在以后的版本中会逐步完善。 新功能 版本2.1.2相比于前一版本2.1主要更新了以下内容： 两种光传输模型：扩散光学断层成像(DOT)、激发荧光断层成像(FMT)； 光传输模态：时域(TD)、频域(FD)； 添加连续波(CW)下基于小孔映射原理的CCD探测功能； 添加基于CCD探测结果逆向映射3D表面功能； 添加由光子原始吸收数据（光子吸收密度）计算光子流率的功能； 加强了图像显示功能，主要包括： 添加各组织的独立显示属性设置，包括颜色、透明度、实体/线框显示、是否显示等；添加仿真结果的基于顶点的插值绘制功能；添加仿真结果在不同平面(平行于XY、YZ或XZ平面)的多层同步显示，提高软件的数据分析能力； 扩展了数据输入输出功能，主要包括： 添加对各种新扩展仿真功能的数据输出，包括时域、频域下的数据输出、读入； 添加两种表面三角网格数据格式的读入及写出支持，包括.surf（Neutral Format）、.mesh(Surface Mesh Format)，具体格式说明参见。 1.3安装与卸载 系统需求适合运行在Windows下，包括Windows 2000/XP/等安装 从下载最新版。 MOSE卸载 。 2 详细使用说明 .1 工程 在MOSE中， 所有的功能均由相互独立的“工程”进行管理，目前MOSE分为三种工程类型：光学分子影像、2D-3D能量映射及图像处理，这三种工程类型分别有不同的功能，如下所示： 光学分子影像（Optical Molecular Imaging）：目前包含了三种成像类型的前向光传输仿真功能，如生物发光断层成像（Bioluminescence Tomography, BLT）、激发荧光断层成像（Fluorescence Molecular Tomography, FMT）及扩散光学断层成像（Diffuse Optical Tomography, DOT）。 2D-3D能量映射（2D-3D Energy Mapping）：可以实现将获取的二维CCD图像映射到三维介质表面的功能。 图像处理（Image Processing）：包含了C