细菌种特异性16S rDNA 寡核苷酸探针数据库初步构建.docVIP

细菌种特异性的16S rDNA寡核苷酸探针数据库的初步构建 蔡正求 首都师范大学生物系，北京 100037 摘要：核酸二级数据库是生物信息学研究的重要领域，对生命科学的研究和发展起重要作用。目前，国际核酸序列公共数据库中存在大量的细菌16S rDNA序列，本文将利用这些已知细菌的16S rDNA序列，设计细菌种的特异性寡核苷酸探针，将其结果存入数据库，以计算机网络为载体，开发界面友好的通过WWW 浏览器实现对数据库查询的系统，查询结果形象直观，为设计细菌的种特异性寡核苷酸探针提供参考和帮助，从而可加速对细菌分类及鉴定的进程。 关键词：细菌 种特异性 16S rDNA 寡核苷酸探针 二级数据库 CONSTRUCTION DATABASE OF SPECIES-SPECIFIC OLIGONUCLEOTIDE PROBES TARGETED FOR 16S rDNA OF BACTERIA Abstract: Secondary database that play an important role in the research and development of biology is a vital research subject in the field of bioinformatics. At present,there are enormous 16S rDNA sequences of bacteria available in the Genbank. In this paper the species-specific oligonucleotide probes for various bacteria according to 16S rDNA have been designed and stored into database. And an user-friendly search system based on computer network has been constructed. This secondary database could help users to design oligonucleotide probes to classify and identify bacteria. Key works: Bacteria，Species-specific, 16S rDNA, Oligonucleotide probe, Secondary database 生物信息学是近年来生物学与计算机科学、信息学及应用数学交叉融合而衍生出的新兴边缘学科。随着人类基因组计划等大型国际项目的实施, 分子生物信息的研究开发和应用已经成为当前一个前沿领域和研究热点。DNA 序列测定技术的完善和应用, 使核酸序列数据库迅速增长。国际上著名的三大核酸序列数据库（EMBL, GenBank 和DDBJ） 的数据量以指数曲线增长，并为其他生物学数据库的建立提供了丰富完善的资源。但这些数据库提供的仅仅是未加工的原始数据，我们称之为一级数据库。这些一级数据库中存在大量的冗余信息，用于解决特殊生物学问题的信息越来越难提取。二级数据库是根据研究任务的需要，通过搜索、查询已知数据库的信息进行加工整理，构建专用的数据库[1]。以一级数据库为基础，将它们按照不同使用者的要求，采用计算机技术，归纳、提炼、整理、加工和构建具有特殊生物学意义和专门用途的二级数据库对于生物学研究意义更大。 rDNA分子在生物体中普遍存在，生物细胞rDNA分子的一级结构中既具有保守的片段，又具有变化的碱基序列[2]。保守的片段反应了生物物种间的亲缘关系，而高变片段则能表明物种间的差异，那些保守的或高变的特征性核苷酸序列则是不同分类级别生物（如科、属、种）鉴定的分子基础。因此可根据rDNA序列设计用于某一种、属、科甚至更大类群范围的微生物的检测或鉴定的探针[3]。近几年来，以16S rDNA为靶分子的PCR引物或杂交探针已用于很多细菌的快速鉴定，它已成为细菌系统发育分析及鉴定的最有效和最常用的分子指标[4]。 随着计算机网络技术的迅速发展, 很多分子生物数据库提供网上查询服务。目前网上分子生物信息数据库的总数已达400 多个。有关寡核苷酸探针的专门数据库有两个，分别是Michigan State University的寡核苷酸探针数据库（/OPD/）和Ribosomal Database Project（RDP）数据库（/html/）这两个数据库在应用分子生物学领域提供设计和使用寡核苷酸探针的资料和核糖体相关的数据服务，包括在线数据分析，基于rRNA的系统发育树的构建以及排列和注释rRNA序列。但国内外还没有提供细菌种的特异性寡核苷酸探针