大白菜根响应根肿菌侵染的基因表达研究.pdfVIP

万方数据 大白菜根响应根肿菌侵染的基因表达研究 摘要 大白菜根肿病由芸薹根肿菌(Plasmodiophora brassicae Woron)侵染引起，是危害十 字花科作物的一种世界性土传病害。本研究利用无参 RNA-Seq 技术，对接种根肿菌后 的根系进行转录组测序，通过与不同的基因组数据库比对，进行功能注释，并利用生物 技术平台筛选出根肿菌侵染后根组织表达有差异的基因，从细胞周期和胼胝质积累两方 面初步探讨大白菜响应根肿菌侵染的分子机理。研究获得如下结果： 1.应用无参 RNA-Seq 技术构建大白菜根组织转录组，共获得 20.8Gb 的数据量， Denovo 组装后获得Unigenes 65128 条；Gene mapping 分析有53045 条Unigenes 得到注 释。差异表达分析共筛选出差异基因 4986 个，其中下调基因 3394 个，上调基因 1592 个。KEGG 分析发现111 条代谢通路，涉及1672 个差异基因。 2.应用荧光定量PCR ，对细胞周期中︱LOG (TR/CK) ︱≥2 差异表达基因进行相对定 2 量分析。结果表明，根肿菌侵染大白菜根后多个与细胞周期相关基因表现差异，转录组 测序结果与荧光定量表达结果一致。侵染后促细胞周期基因 CDKA;1 、DOF1.7 、 CDKB1; 1 表达量上调，而抑细胞周期基因DELLA-RGA1 表达下调，从而加快启动细胞 周期，调控细胞增殖。 3.应用荧光定量PCR ，对胼胝质沉积中︱LOG (TR/CK) ︱≥2 差异表达的基因进行相 2 对定量分析。结果表明，根肿菌侵染大白菜根多个胼胝质沉积相关基因表现差异，转录 组测序结果与荧光定量表达结果一直。胼胝质合成酶基因GSL3、GSL4、GSL6 下调表 达，胼胝质酶(β-1.3-葡聚糖酶)基因 BG13 、BG14 则上调表达，从而抑制胼胝质沉积， 导致细胞壁防御功能下降。 关键词：大白菜；根肿菌浸染；基因表达；转录组测序 I 万方数据 大白菜根响应根肿菌侵染的基因表达研究 Study of gene expression in response to Chinese cabbage(Brassica campestris L. ssp. p ekinensis) root infected by Plasmodiophora brassicae Woron Tan Chong (Olericulture) Directed by Associate Professor Yue Yan Ling Abstract Clubroot in Chinese cabbage caused by Plasmodiophora brassicae Woron is a soil-born disease worldwide that hazards cruciferous crops seriously. In this study, transcriptome sequencing technology(RNA-seq) was used to transcriptome sequencing of the root infected by Plasmodiophora brassicae