一种分析全基因组上位性的新方法eh3+(i3 - 湖南大学学报.pdf

第 卷 第 期 湖 南 大 学 学 报 自然 科 学 版 年 月 文章编号 一种分析全基因组上位性的新方法 李泽军 陈 敏 曾利军 湖南大学 信息科学与工程学院湖南 长沙 湖南工学院计算机科学与信息学院湖南 衡阳 摘 要传统基于单位点的全基因组关联研究存在重复性低难以解释性等缺陷而采 用基于机器学习的上位性分析中面临计算复杂度高预测准确度不足等问题 本文提出一种 分析全基因组上位性的新方法该方法采用二阶段框架的上位性分析方法它包含特征过滤 阶段以及上位性组合优化阶段在特征过滤阶段提出了多准则融合策略从多个不同角度评 价遗传变异位点以保证易感的弱效位点能被保留然后采用多准测排序融合策略剔除与疾 病状态关联程度低的遗传变异进一步在上位性组合优化阶段采用贪婪算法启发式地搜索 组合空间以降低时间复杂度最后采用支持向量机作为上位性评价模型 实验中采用不同 的连锁不平衡参数与经典算法 与 的性能进行对比实验结果表明本文方 法能有效保留弱效位点一定程度上提高了疾病预测的正确度 关键词全基因组关联研究上位性复杂疾病智能计算 中图分类号 文献标识码