2016年并行程序设计课程上机摘要.PDFVIP

20 16 年并行程序设计课程上机 集群登录： 曙光4000A 集群：210.45.114.190 用户：guest 密码：guest11 因为共用一个账号，大家不要修改该密码哦，也不要随意更改集群其他的环境配置。 使用secureCRT 或者putty 等软件并设置SSH2 协议来登录集群； 使用secureFX 等软件并设置SSH2 协议来上传、下载你的程序； 登录集群后，即在第100 号节点 （node 100）上，此时你可以： （1） 首次登录的话，可建立以自己学号命名的目录（mkdir SA 16011xxx ），并拷贝有关的 程序到该目录下。命令示例： mkdir SA 16011xxx cd SA 16011xxx cp -r /home/guest/source/ 18-5 . (注意最后是一个点号！) 注：将 18-5 子目录下文件拷贝到自己目录下。根据你所分配的程序，选择性拷贝！ （2 ） 使用rsh node### ，登录到计算节点###上，在自己目录下编辑、运行程序。 注：###是节点号，目前集群可用节点号为node2～6、node8～12 如果出现节点不能登录情况，可以在上述节点范围中，尝试命令 ping node### ，如 看到正常的结果，再行rsh 。为更好更快地实验，大家最好不要固定只选择某个node。 命令示例： rsh node5 ping node10 （3 ） 编辑程序：使用命令 nano 。该命令是一个全屏幕编辑器，使用说明在（窗口）屏 幕下方可看到，简单易学！此外，vi 编辑器也是可用的。当然，你可以在你的本地 机器上编好程序再上传到你的目录下。命令示例： nano my.c （4 ） 程序编译： MPI －Demo program 放在 /home/guest/mpi_demo OpenMP －Demo program 放在 /home/guest/omp_demo 配书光盘中的MPI 程序放在 /home/guest/source 假设： 在你目录下的C 程序名为：my.c 生成的执行程序名为： my MPI 程序－编译： mpicc -o my my.c -lm MPI 程序－运行： mpirun -np NUM_of_Procs -machinefile ~/maa ./my 注：NUM_of_Procs 为进程数 ~/maa 是集群节点配置文本文件，其内容可以如下（每个节点一行）： node2 node3 node4 node5 node6 node8 node9 node10 node11 node12 OpenMP 程序－编译： gcc -o my -fopenmp my.c -lm OpenMP 程序－运行： export OMP_NUM_THREADS=XXX 注：XXX 为线程数 （不超过8） ./my MPI －OMP 程序混合编译与运行： 混合编译： mpicc -o my -fopenmp my.c -lm -O3 注： -O3 为优化开关，可以不用 混合运行： mpirun -np NUM_of_Procs -x OMP_NUM_THREADS=8 -machinefile ~/maa ./my 其中 -x OMP_NUM_THREADS=8 用来在相应节点设置OpenMP 环境变量 -machinefile ~/maa 也可以用 -hostfile ~/maa 来替代 实验内容： （1）公共部分: 每位同学必做。 （a ）采用MPI_Send 和MPI_Recv 编写代码来实现MPI_Allgather 的功能，并写一个完整的 MPI 程序测试并对比你的实现和MPI 原有实现的性能； （b ）设计MPI 程序模拟广播（MPI_Bcast ）操作：将每个MPI 进程按照所在节点名称建立 node 通信子域分组；再将各个node 子通信域的0 号进程再次组成一个名为head 的通信域； 在进行广播时，首先由root 进程将消息在head 通信子域内广播，