中科院生物信息学课程---讲课五-NcRNA-131120.ppt

* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 非编码基因的预测非编码基因表达调控元件的预测非编码RNA靶元件的预测非编码RNA与其他生物大分子相互作用的预测 非编码领域生物信息学研究的特点与困难 1、计算量大基因组转录组 蛋白质组代谢组 表观遗传组……… 一、海量数据的处理与挖掘 现已实现 Data per run 200Gbp !! Platform Starting DNA (ug) Throughput statistic Data per run (Gbp) Reagent cost per run ($)a Run time 454 GS-FLX 3–5 238-bp read 0.1 8500 7.5h Illumina 1G 0.1–1 35-bp read 1.3 3000 3 d ABI SOLiD 0.1–20 35-bp reads 4 3400 7 d Helicos Not available 30-b