转录组学的可视化.ppt

转录组学研究的可视化分析 主讲人: 王大鹏 组 员：桑杰卓嘎、西热桑姆、刘亚楠 《生物信息学概论》开放式精品示范课堂 引言 转录组学是一门在整体水平上研究细胞中所有基因转录及转录调控规律的学科，对于人类更加深层次认识基因提供了方向。 本研究选取陈超美教授开发的CiteSpace作为主要分析软件，对转录组学研究文献进行可视化分析，并结合文献的仔细阅读，进一步系统了解转录组学这门学科。 1 2 3 4 数据库：Web of Science 方法：CiteSpace分析 共检出4952记录条 时间跨度：2006-2015年 数据来源与方法 1.研究力量分析 2.重要文献分析 3.研究热点分析 4.研究前沿分析 结果分析 1.研究力量分析：国家 发文量 中心性 国家（地区） 1223 0.28 USA 454 0.23 GERMANY 358 0.25 ENGLAND 293 0.09 NETHERLANDS 266 0.19 FRANCE 244 0 PEOPLES R CHINA 美国的发文量和中心性都居首位，表明美国对于转录组学的研究力量雄厚，德国与英国的研究力量也较高。中国大陆的文献量虽大，但中心性不突出。 1.研究力量分析：机构 发文量 中心性 机构 64 0.01 Maastricht Univ 51 - INRA 44 - Chinese Acad Sci 41 - Harvard Univ 41 - Univ Illinois 36 - Wageningen Univ 34 - Univ Queensland 25 0.01 Univ Groningen 研究机构集中在高校和研究院，Maastricht Univ达到了64篇，INRA有51篇，中科院有44篇，无论是发文量还是中心性，机构的研究力量相对薄弱，尚未有高产出和高影响力的机构出现。 发文量20篇以上的高产作者: Kleinjans JCS(27) Piersma AH(24) Nielsen J(23) Uhlen M(23) Pennings JLA(21)? 1.研究力量分析：作者 2.重要文献分析：早期奠基性文献 年份 频次 中心性 被引文献 2001 39 0.64 BRAZMA A, 2001, NAT GENET, V29, P365, DOI 10.1038/NG1201-365 2006 31 0.02 LI WZ, 2006, BIOINFORMATICS, V22, P1658, DOI 10.1093/BIOINFORMATICS/BTL158 2005 31 0.08 CARNINCI P, 2005, SCIENCE, V309, P1559, DOI 10.1126/SCIENCE.1112014 2.重要文献分析：早期奠基性文献 第一篇:Minimum information about a microarray experiment (MIAME)-toward standards for microarray data.文中提出了著名的MIAME，MIAME制定了基因芯片数据的信息的最低限度的标准。 第二篇:Cd-hit: a fast program for clustering and comparing large sets of protein or nucleotide sequences. 第三篇:The Transcriptional Landscape of the Mammalian Genome. 重要文献分析——核心性? 年份 被引频次 中心性 被引文献 2009 250 0.58 WANG Z, 2009, NAT REV GENET, V10, P57, DOI 10.1038/NRG2484 2008 189 0.89 MORTAZAVI A, 2008, NAT METHODS, V5, P621, DOI 10.1038/NMETH.1226 2010 146 0.04 ANDERS S, 2010, GENOME BIOL, V11, P, DOI 10.1186/GB-2010-11-10-R106 2011 136 0.11 GRABHERR MG, 2011, NAT BIOTECHNOL, V29, P644, DOI 10.1038/NBT.1883 2.重要文献分析：高被引文献 第一：RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics.描述了RNA-Seq使用方法和与它的应用相关的挑战。 第二：Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA