五种豆科植物物种基于de novo 序列装配和注释的比较研究 .pdf

计算分子生物学(网络版), 2014 年, 第 3 卷, No.12, 1-7 Jisuan Fenzi Shengwuxue (Online), 2014, Vol.3, No.12, 1-7 研究报告 Research Report 五种豆科植物物种基于De Novo 序列装配和注释的比较研究 1 1 2 Sagar S. Patel , Dipti B. Shah , Hetalkumar J. Panchal 1. G. H. Patel Post Graduate Department of Computer Science and Technology, Sardar Patel University, Vallabh Vidyanagar, Gujarat-388120, India 2. Gujarat Agricultural Biotechnology Institute, Navsari Agricultural University, Surat, Gujarat - 395007, India 通讯作者: sgr308@; 作者 计算分子生物学, 2014 年, 第3 卷, 第 12 篇 doi: 10.5376/.2014.03.0012 本文首次以英文发表在Computational Molecular Biology 上。现依据版权所有人授权的许可协议，采用Creative Commons Attribution License 协议 对其进行授权，用中文再次发表与传播。只要对原作有恰当的引用, 版权所有人允许并同意第三方无条件的使用与传播。如果读者对中文含义理解有 歧义，请以英文原文为准。 建议最佳引用格式： Patel et al., 2014, Comparative study of five Legume species based on De Novo Sequence Assembly and Annotation, Computational Molecular Biology, Vol.4, No.9, 1-6 (doi: 10.5376/cmb.2014.04.0009) 摘 要 豆科植物是世界热带和亚热带地区的一种重要的油料作物。最近，名为RNA-seq 的新一代测序技术为转录组分析 提供了强有力的方法。这项研究是集中在RNA 序列对五种豆科植物，分别是来自NCBI 数据库的花生SRR1212866 、鹰嘴豆 SRR627764 、菜豆SRR1283084 、葫芦巴SRR066197 和豌豆SRR403901 。比较研究侧重于各种重要特征如：用N50 ，序列组 装重叠群产生reads ，用已知的蛋白质和基因进一步搜索; 其中，许多基因是根据GO 功能分类注释并通过搜索KEGG 数据 库将序列定位到途径中。这些数据将用于基因发现和功能研究，并且在当前研究中报道的大量转录物将作为这五种豆科物种 的有价值的遗传资源。 关键词 De Novo 组装; 生物信息学; 豆科植物; 序列组合和注释 Comparative study of five Legume species based on De Novo Sequence Assembly and Annotation 1 1 2 Sagar S. Patel , Dipti B. Shah , Hetalkumar J. Panchal 1. G. H. Patel Post Graduate Department of Computer Science and Technology, Sardar Patel University, Vallabh Vidyanagar, Gujarat-388120, India 2. Gujarat Agricultural Biotechnology Institute, Nav