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第一章 生物信息学绪论 金萍 南京师范大学 比较基因组学与生物信息学实验室 内 容 一、生物信息学定义 二、生物信息学的发展历史 三、生物信息学的主要研究内容 四、生物信息学的研究意义 五、生物信息学所用的方法和技术 六、生物信息学学习方法 七、研究生物信息学的一般步骤 八、生物信息学的展望 一、生物信息学定义 什么是生物信息学 ？ 生物信息学 说文解字：生物 + 信息 + 学 (bioinformatics) biology + information + theory 广义： 应用信息科学的方法和技术，研究生物体系和生物过程中信息的存贮、信息的内涵和信息的传递，研究和分析生物体细胞、组织、器官的生理、病理、药理过程中的各种生物信息，或者也可以说成是生命科学中的信息科学。 狭义： 应用信息科学的理论、方法和技术，管理、分析和利用生物分子数据。 计算生物学 计算生物学（Computational Biology）是生物学的一个分支。根据美国国家卫生研究所（NIH）的定义，它是指开发和应用数据分析及理论的方法、数学建模、计算机仿真技术等，用于生物学、行为学和社会群体系统的研究的一门学科 。 （一）前基因组时代的生物信息学 属于生物物理学范畴的传统生物信息学可以追溯到很久以前，如研究生物发光、生物电、生物磁和激素等信息物质的传递现象及其相应测定技术。以研究序列比对为标志的现代生物信息学则起源于20世纪70~80年代。 这一阶段的主要成就包括核酸和蛋白质序列的初步分析、生物学数据库的建立以及检索工具的开发。例如Dayhoff的替换矩阵、Neelleman和Wunsch的序列比对（sequence alignment）及GenBank（由美国国立生物技术信息中心建立和维护的核酸与蛋白质序列数据库）等大型数据库的建立，形成了生物信息学的雏形。 20世纪50年代，生物信息学开始孕育 20世纪60年代，生物分子信息在概念上将计算 生物学和计算机科学联系起来 20世纪70年代，生物信息学的真正开端(序列比对算法) 20世纪80年代初期，生物信息分析方法的发展 20世纪80年代以后，生物信息服务机构和数据库 20世纪90年代后 ，HGP促进生物信息学的迅速发展 1956: 美国田纳西州首次召开了“生物学中的理论研讨会”； 1962: Zucherkandl和Pauling研究了序列变化与进化的关系，开创了一个新的领域——分子进化； 1967: Dayhoff研制出蛋白质序列图集，即后来著名的蛋白质信息源PIR； 1970: Needleman和Wunsch提出了著名的序列比对算法，是生物信息学发展中最重要的贡献； 1970: Gibbs和McIntyre发表著名的矩阵打点做图法； 1978: Gingeras等人研制了核酸序列中酶切位点识别程序； 1981: Smith和Waterman提出了著名的公共子序列识别算法，同年Doolittle提出了关于序列模式的概念； 1982: GenBank第3版本正式发行； 1983: Wilbur和Lipman发表了数据库相似序列搜索算法； 1986: 日本核酸序列数据库DDBJ诞生； 1986: 蛋白质数据库SWISS-PROT诞生； 1988: 美国国家生物技术信息中心NCBI诞生； 1988: 成立欧洲分子生物学网络(EMBNet)，EMBL数据库诞生； 1988: Person和Lipman发表了著名的序列比较算法FASTA； 1990: 快速相似性序列搜索算法BLAST问世，1987年BLAST的改进版本PSI-BLAST投入使用 （二）基因组时代的生物信息学 以基因组计划的实施为标志的基因组时代（1990年至2001年）是生物信息学成为一个较完整的新兴学科并得到高速发展的时期。这一时期生物信息学确立了自身的研究领域和学科特征，成为生命科学的热点学科和重要前沿领域之一。 这一阶段的主要成就包括大分子序列以及表达序列标签（expressed sequence tag，EST）数据库的高速发展、BLAST（basic local alignment search tool）和FASTA（fast alignment）等工具软件的研制和相应新算法的提出、基因的寻找与识别、电子克隆（in silico cloning）技术等，大大提高了管理和利用海量数据的能力。 2 数据库搜索及序列比较 搜索同源序列在一定程度上就是通过序列比较寻找相似序列 序列比较的一个基本操作就是比对（Alignment），即将两个序列的各个字符（代表核苷酸或者氨基酸残基）按照对应等同或者置换关