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本地Blast2GO安装，及其数据库更新和导入数据中断的解决方案2013年08月21日 ? Bioinformatics ? 暂无评论 ? 被围观 141 views+ 本文提供改进的本地化Blast2GO自动化安装脚本，以及指导如何更新数据库，并提供导入数据中断的解决方案。对无root权限的用户同样有效，同时指导如何成功运行b2g4pipe和本地Blast2GO图形界面。由于Blast2GO官方网站提供的Blast2GO数据库安装教程需要用户具有root权限，而其官网上另一自动化安装脚本已过时，会出错，故文本将二者结合，并根据自身经验重新整理。软件环境■操作系统：Linux（Centos, Ubuntu, Fedora等），最好有root权限，配置mysql。■数据库：Mysql（或者Mysql的分支MariaDB），要有能创建数据库权限的用户，如果弄不到，可以参照我另一篇日志在没有Root权限的情况下安装Mysql。■Java运行环境：一定要Oracle JDK (6、7都行)，不要用OpenJDK！可参照我另一篇日志《Linux安装JDK》（内含没root权限时安装方法）。■Local NCBI-Blast。注：请一定参照网上的方法把Mysql的数据库目录配置到有足够空间的目录下面！安装oracle jdk，不用卸载openjdk，并切换java到oracle jdk。查看源代码打印帮助1 sudo /usr/sbin/alternatives --config java 手动准备数据1) 避免不稳定的网络环境使下载中断，自己用迅雷或者FTP客户端（wget也支持断点续传）下载以下4个文件（一共5.1G）：■godatabase: /latest-full/ 目录下对应的go_XXXX-assocdb-data.gz■gene_info.gz: /gene/DATA/gene_info.gz■gene2accession.gz: /gene/DATA/gene2accession.gz■idmapping.tb.gz: /databases/idmapping/idmapping.tb.gz2) 解压文件。提示：gzip -d解压文件后会删除原来的压缩文件。查看源代码打印帮助1 gzip -d *.gz 3）下载local_b2g_db.zip文件，并解压。内含创建数据库的b2gdb.sql文件和导入idmapping文件的java程序ImportIdMapping.class及其依赖的库mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar。为了方便，上述文件都放到同一目录下。解压后文件清单如下：查看源代码打印帮助1 ./: 31.48 GB 2 2.97 KB ImportIdMapping.class 3 2.33 KB b2gdb.sql 4 1.83 KB download_and_install.sh 5 3.27 GB gene2accession 6 1.32 GB gene_info 7 22.37 GB go_201307-assocdb-data 8 4.51 GB idmapping.tb 9 528.18 KB mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar 导入数据库1) 配置download_and_install.sh文件：查看源代码打印帮助01 #!/bin/sh 02 03 # 配置以下7行04 godbname=go_201307-assocdb-data # 根据/latest-full/下assocdb-data.gz文件更改05 dbname=b2gdb # 数据库名称，不用改06 dbuser=root # 数据库用户名07 dbpass=passwordofroot # 数据库用户密码08 dbhost=localhost # 数据库所在ip 09 dbport=3306 # 数据库端口，3306是默认的，如果是无root权限安装的MySQL，一定要改为设置的端口，比如我的33060 10 path=/home/shenwei/Public/Data/local_b2g # 数据文件目录，注意路径末尾不要有“/”