单体型组装加权最小字符翻转问题参数化算法研究.pdfVIP

摘要 单体型检测在遗传病基因的定位、药理反应的研究、个体识别等 方面有极其广阔的应用前景。但是在当前的实验技术下直接测定个体 的单体型所需的时间和金钱上的花费过于昂贵，因此利用计算机技 术来确定个体的单体型有极其重要的现实意义。单体型检测可分为两 大类：单体型组装问题和单体型推断问题。本文主要对单体型组装问 题相关模型和算法进行研究。 由于单体型组装问题计算模型绝大部分是NP．hard，当片断数和 SNP位点数较大时，基本上没有可行的精确算法，而诸如启发式算法、 遗传算法等近似算法的近似程度很难保证，往往不能获得最优解。因 而尽可能提高精确算法的时间和空间效率具有极其重要的现实意义。 本文着重探索了如何利用小参数技术显著降低相关计算模型的 时间和空间复杂度，并针对单体型组装加权最小字符翻转(WMLF)Ih-] 题提出了一个时间复杂度为O(nk22殷切，卿z+优岛)的参数化算法，可 以在较短的时间得到WMLF问题的精确解，具有良好的可扩展性和 较高的实用价值。 参数化算法是精确算法而且具有时空复杂度较低的特性，因此我 们在现有实验条件下可利用参数化算法来比较不同计算模型的单体 型重构精度。基于适用于不同模型的参数化算法，本文对MSR、MFR、 而