染色质免疫沉淀试验中基因组dna 超声破碎条件优化策略.pdfVIP

生物技术通报 BIO TE CHN OLOG Y B ULLETIN 20 10 5 DNA 1 2 1 李敏俐 关善辉 陆祖宏 1 2 ( , 210096; , 271000) : 染色质免疫沉淀试验中对共价交联的基因组染色质进行超 处理以获得适当大小的DNA 片段是 ChIPSeq和 Ch IPchip成功的前提影响基因组 DNA 破碎的因素很多, 细胞浓度细胞裂解方式超 体积探头深度超 环境超 时 间和超 功率等都会对超 效果产生影响如何获得各个可变参数的优化组合是一个需要多次摸索的过程, 借鉴其它研究 者已经建立的优化条件进行探索是一条比较省时简便的途径本研究针对超 时间细胞裂解方式超 环境和超 功率等 因素进行优化; 利用优化的条件超 , 得到适合大小的DNA 片段; 对这些片段进行染色质免疫沉淀试验, 获得已知靶基因的特 异性富集; 证明超 优化条件是成功的本研究提出的超 优化策略及获得的优化条件为后续 ChIPSeq试验创造了前提条 件, 也对其他研究者具有借鉴意义 : 超 染色质免疫沉淀 基因组 DNA ChIPSeq ChIPchip Optim al U ltrasonic Conditions for Shearing the G enom ic DNA in the Chrom atin Im munoprecipitation Experim ent 1 2 1 LiM inli Gu n Sh nhu i Lu Zuhong 1 ( StateK ey Laboratory of Bioelectronics, Southeast University, Nanj ing 210096; 2 Departm ent of Anesthesiology of aian CentralH osp italShandong Province, aian 271000) A bstrac:t She ring the crosslinked genom ic DNA to n optmi l size is key step in chrom tin mi munoprecipit tion nd th tw ill ffect the subsequent Ch IPSeq or ChIPch ip resu lt. There re m ny v ri ble f ctors th t m y influence the fr gm en t s ize such s cell concentr tion, cell lysis bu ffer, depth of the probe, sonic tion hours nd the sonic tion pow er et .l It is long process to get the optmi l comb in tion of the v rious v ri ble p r m eters. Le rn from the other est b lished optm