系统生物学在腹膜纤维化研究中的应用论文.pdfVIP

中国血液净化2013年 1月第 12卷第 1期 ChinJBloodPurlf,January,2013，Vo1．12，No．1 ·5 3 · · 综 述 系统生物学在腹膜纤维化研究中的应用 张 林 刘伏友 中图分类号：R459．5 文献标识码：A doi：10．3969／．j．issn．1671—4091．2013．01．015 腹膜纤维化 (peritonealfibrosiS，PF)有复杂 2 转录组学与腹膜纤维化 的发病机制 ，涉及 内部和外部因素的相互作用。 转录组学 (transcriptomics)是一门在整体水 目前，我们还没有足够的敏感和特异性的试验来检 平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的 测早期的腹膜纤维化，预测纤维化的进展并监测治 学科。简而言之，转录组学是从RNA水平研究基 疗 反应 。 因表达的情况。以DNA为模板合成RNA的转录过 系统生物学在过去 10年因为开发了新的实验 程是基因表达的第一步，也是基因表达调控的关 方法和计算工具得到了不断的发展，它整合了基因 键环节。与基因组不同的是，转录组包含了时间 组学，转录组学，蛋 白质组学，代谢组学的实验 和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生 方法，完全有能力测量健康与疾病状态，药物治 长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。通 疗前后，不同类型细胞之问的变化和相互作用。 过测序技术揭示造成差异的情况，已是 目前最常 1 基因组学与腹膜纤维化 用的手段。努力结合注入了临床参数的转录组数据 基因组学是研究生物基因组的组成、组内各 生物样本，对疾病过程产生广泛的和真实的认识。 基因的精确结构、相互关系及表达调控的科学。 并且确定转录印记与明确临床结果。目前用于转录 以全基因组测序为 目标的结构基因组学 (structural 组数据获得和分析的方法主要有基于杂交技术的芯 genomics)和以基因功能鉴定为 目标的功能基因组学 片技术，包括 cDNA芯片和寡核苷酸芯片，基于序 (functiOnal genomiCS)，又被称为后基因组 列分析的基因表达系列分析 (SAGE)和大规模平行信 (postgenome)研究，成为系统生物学的重要方法。 号测序系统 (MPSS)。转录组谱可以提供一定条件 基因组学能为一些疾病提供新的诊断、治疗方法。 下一定基因表达的信息，并据此推断相应未知基 在肾脏疾病研究领域，有研究使用基因组学混合扫 因的功能，揭示特定调节基因的作用机制。通过 描非洲终末期肾病患者，发现MYH9基因与FSGS以 这种基于基因表达谱的分子标签，不仅可以辨别 及人类免疫缺陷病毒相关性肾病高度相关。目前利 细胞的表型归属，还可以用于疾病的诊断。转录 用基因组学研究腹膜纤维化还不多见。我们可以在 组学的研究已经在糖尿病肾病和狼疮性肾炎的动物 基因组表达及调控的研究、腹膜基因信息的识别和 模型导出了基因变化表达谱。在腹膜纤维化的研究 鉴定、基因功能信息的提取和鉴定、测序和基因多 中，Imai[2等用转录组学的方法研究糖基化终末产 样性分析、比较基因组学等多个方面研究腹膜纤维 物引起小鼠腹膜损伤的机制，基因芯片分析显示， 化的发病机制和疾病进程。从而可以为腹膜纤维化 168个基因表达增加了超过4倍。其中Cdc42、Evl 的基因治疗打下基础。比如可以对腹膜固有细胞进