组学原理与应用.pdf

GGenenoommiics cs PrPriinncicipplle e anandd  TecTechhnnoollooggyy   AApppplliicatcatiioonn   基因组学原理及技术应用基因组学原理及技术应用  一、基因组、转录组和蛋转录组和蛋白质组 白质组 二、获得基因组序列的技获得基因组序列的技术和策术和策略 略  鸟枪法组装序列：将DNDNA A分子打断为小片段，测 定每一段的序列，通过查找每个片段序列的重叠部 通过查找每个片段序列的重叠部 分再组装得到主体序列 分再组装得到主体序列。实际上需要几十个碱基对 的重叠以确认两个序列相连接 的重叠以确认两个序列相连接。 串联重复 串联重复DNA的问题 基因组范围内重复的问题 基因组范围内重复的问题 基因组测序的两种方法 基因组测序的两种方法 n Whole­ggenenoomme e sshhoottgguunn  mmetethhoodd  （全基因组鸟枪 法）：采用与标准鸟枪法采用与标准鸟枪法相同的相同的方法 方法，只是使用 基因组图谱上的显著特征基因组图谱上的显著特征作为界作为界标 标，指引着将用 鸟枪法获得的大量短序列鸟枪法获得的大量短序列拼接成拼接成主序列 主序列。 n  Clone contig method （ （克隆重叠群法）：基因组被 打断成大量可用鸟枪法准打断成大量可用鸟枪法准群测序群测序的片段 的片段，每一片  段长度数百或数个MbMb ，一旦一个片段的序列测定 完成，就被定为在基因组就被定为在基因组图谱的图谱的正确位正确位置上置上 。 基因组作图方法 基因组作图方法 n Genetic mapping （ （遗传作图）：应用遗 传学技术构建的能在基因组上显示基传学技术构建的能在基因组上显示基因 因 和其他序列特征位置的图谱 和其他序列特征位置的图谱。比如杂交 育种实验。 n Physical mapping （ （物理作图）：应用分 子生物学技术直接检测 子生物学技术直接检测DNA分子，从而 构建能显示包括基因在内的序列特征构建能显示包括基因在内的序列特征位 位 置的图谱。 GeGennetic Metic Mappappiningg ­DNA marker n ReRessttrriiccttiioonn F Fraraggmmenentt  LLenenggtthh P Poollyymmoorprphhiissmm (RF (RFLLP) P)  n  SiSimmpplle e SeqSequuenence ce LLenenggtthh  PoPollyymmoorprphhiissmm (SS (SSLLP) P)  n  SiSinngglle e nnuuclcleoeottiidde e ppoollyymmoorprphhiissmm (SN (SNP) P)  n 。。。。。。  简单序列长度多态性的两个变异体 简单序列长度多态性的两个变异体 SSiinglengle  nucnucleleotiotidede  polpolyymmorphiorphissmm(S(SNNPP) ) ÿ遗传学图谱的分辨率依赖 于所得到的交换数目； ÿ遗传图的准确率有限。比 如重组热点的存在，影响 了交换在染色体上随机发 生。 物理作图方法 n Restriction Mapping(限制性作图 限制性作图):在DNA分子 上定位限上定位限制性内制性内切切核酸酶酶核酸酶酶切位点切位点的的相对位置 相对位置。  n FlFluuooresrescecenntt  iinn  ssiittuu  hhyybbririddiizatzatiioonn, , FISHFISH (荧光原位 杂交)：将分子标记与完整将分子标记与完整染色体染色体杂交来杂交来确定标 确定标  记的位置。 n  SeqSequuenencece ta taggggeded  ssiitte e mmapapppiinngg (序列标记位点作 图)：通过批量的基因组片通过批量的基因组片段进行 段进行PCR和 （或） 杂交分析，来对短序列进来对短序列进行定位行定位作图 作图。 限制性作图 荧光原位杂交 荧光原位杂交 （FISH） 序列标记位点作图 序列标