第七章蛋白质序列及结构分析 蛋白质综合信息查询 蛋白质一级结构 .pdf

第七章 蛋白质序列及结构分析  蛋白质综合信息查询  蛋白质一级结构分析  蛋白质二级结构分析  蛋白质结构域分析  蛋白质三级结构分析 蛋白质综合信息查询 UniProt数据库介绍 蛋白质一级结构分析 Proteomics: Protein characterisation and function: ProtParam ProtScale http://psort.hgc.jp/ http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ PILRA_Human 蛋白质二级结构分析 http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/ http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/  蛋白质结构域分析 Prosite Pfam http://pfam.sanger.ac.uk/ 蛋白质三级结构分析 从头预测：根据序列搜索分子空间构象，结合分子力学及分 子动力学理论计算进行结构预测，发现能量最低的构象，适 合做未知小分子结构预测。 同源模建：基于目的蛋白质与已知结构的蛋白质序列之间的 显著相似性，模拟构建目的蛋白质的三维结构。是目前所有 蛋白质结构预测方法中最成功、准确度最高的方法。 折叠识别：即使序列无相关性的蛋白质也可能具有相似的折 叠模式。通过目的蛋白质与已知折叠模式的蛋白质序列比对， 搜寻能量最优及构象最稳固的折叠模式。随着蛋白质结构测 定的数据越来越多，是目前发展最快和最有前途的方法。 补充材料：人们观察到的蛋白质体内和体外折叠的时间是0.1～0.001 s 。一 个新生肽如果从零开始去寻找能量最低的分子构象，且在如此之短的时间内 完成几乎是不可能的，从而表现出一种 “目的性”的行为。这种 “目的性” 的形成源于分子内部，即新生肽已经完成了初步的至关重要的二级结构如α 螺旋和β折叠等的构建。然而α螺旋和β折叠等二级结构也不是随机生成，应 由mRNA所携带的相关信息决定。只有这样才能保证成熟蛋白质的构象在短 时间有效形成和前后一致性。而分子伴侣、疏水作用、特异的成键作用及蛋 白折叠辅助酶等都是在肽链生成后才发生作用的，这决定了这些因素只有局 部的修饰功能，而肽链构象的主体构建则由mRNA所携带的相关信息决定。 同源模建 不同的蛋白质序列经过折叠可产生类似的三维构象，因此蛋 白质的三级结构比一级结构更保守。 序列高度相似的蛋白质具有相似的三维结构，研究表明如果 两个蛋白质的序列相似性达到50% ，那么其三维结构也高度 相似。 同源蛋白质之间具有保守的结构内核，差异仅在分子表面的 回折区。 前提条件：要模建的目的蛋白质必须有一个或多个已知结构 的相似蛋白质 （相似性不低于25%）。 基本步骤 搜寻模板蛋白质、序列比对 （确定保守区和可变区）、结构 搭建、结构优化、结构评估。 序列比对和结构搭建最关键，往往需要反复进行这两步。 确定结构保守区：主要根据二级结构信息以及其它对蛋白质 折叠有重要影响的因素 （譬如二硫键、盐桥、疏水氨基酸、 多序列比对的保守氨基酸）等对保守区修正。 尽量选择在转角 （turn ）、环 （loop ）的区域内进行氨基酸 残基插入、刪除和替换。 Swiss-PdbViewer SwissModel 折叠识别 http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre2/html/page.cgi?id=index /submit.jsp