rna二级结构的2d图形表示及相似性分析.pdf

第３２卷 第５期 世界科技研究与发展 Ｖｏｌ．３２ Ｎｏ．５ 　 　 ２０１０年１０月 ５８６－５８９页 ＷＯＲＬＤＳＣＩＴＥＣＨＲ＆Ｄ Ｏｃｔ．２０１０ ｐｐ．５８６－５８９ ＲＮＡ二级结构的２Ｄ图形表示及相似性分析 杨卫东　骆嘉伟 （湖南大学计算机与通信学院，长沙４１００８２） 摘　要：结合ＲＮＡ序列的核苷酸分类提出了一种新的ＲＮＡ二级结构的２Ｄ图形表示法。该图形表示法能够唯一地表示ＲＮＡ二级 结构，而且图形是无退化的，即不存在重叠或交叉现象。把该图形表示法应用于９个病毒ＲＮＡ二级结构，通过计算这些序列的数 字特征和序列之间的相似性，实验表明该图形表示法是可行的。 关键词：ＲＮＡ二级结构；图形表示法；相似性；２Ｄ 中图分类号：ＴＰ３９１　　　文献标识码：Ａ　　　  ＡｎａｌｙｓｉｓｏｎＳｉｍｉｌａｒｉｔｙｏｆ２ＤＧｒａｐｈｉｃａｌＲｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎｆｏｒＲＮＡＳｅｃｏｎｄａｒｙＳｔｒｕｃｔｕｒｅｓ ＹＡＮＧＷｅｉｄｏｎｇ　ＬＵＯＪｉａｗｅｉ （ＤｅｐａｒｔｍｅｎｔｏｆＣｏｍｐｕｔｅｒａｎｄＣｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎ，ＨｕｎａｎＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｃｈａｎｇｓｈａ４１００８２） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ａｎｅｗ２ＤｇｒａｐｈｉｃａｌｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎｏｆＲＮＡｓｅｃｏｎｄａｒｙｓｔｒｕｃｔｕｒｅｉｓｇｉｖｅｎｉｎｔｅｒｍｓｏｆｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎｓｏｆｎｕｃｌｅｉｃａｃｉｄｓｏｆＲＮＡｓｅ ｑｕｅｎｃｅ．ＲＮＡｓｅｃｏｎｄａｒｙｓｔｒｕｃｔｕｒｅｃａｎｂｅｕｎｉｑｕｅｌｙｅｘｐｒｅｓｓｅｄｂｙｔｈｉｓｇｒａｐｈｉｃａｌｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ．Ａｎｄｔｈｅｇｒａｐｈｉｃｓａｒｅｎｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ，ｗｉｔｈｎｏｏ ｖｅｒｌａｐｏｒｃｒｏｓｓ．ＡｐｐｌｙｉｎｇｔｈｅｇｒａｐｈｉｃａｌｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎｔｏＲＮＡｓｅｃｏｎｄａｒｙｓｔｒｕｃｔｕｒｅｏｆｎｉｎｅｖｉｒｕｓ，ｂｙｃａｌｃｕｌａｔｉｎｇｔｈｅｎｕｍｂｅｒｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃａｎｄ ａｎａｌｙｓｉｓｔｈｅｓｉｍｉｌａｒｉｔｙｏｆｔｈｅｓｅｓｅｑｕｅｎｃｅ，ｔｈｅｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌｒｅｓｕｌｔｓｈｏｗｓｔｈａｔｔｈｅｇｒａｐｈｉｃａｌｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎｉｓｆｅａｓｉｂｌｅ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：ＲＮＡｓｅｃｏｎｄａｒｙｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ；ｇｒａｐｈｉｃａｌｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ；ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ；２Ｄ 出了一种基于随机游走的２Ｄ图形表示法。这些方法的主要 １　引言 特点是将传统的由四字符集｛Ａ，Ｕ，Ｇ，Ｃ｝构成的字符串表示 ＲＮＡ是生物系统内最为重要的分子之一，它在生物体内 成平面或空间的一条曲线，并从曲线中提取数学不变量来分 行使着多种功能，尤其是在 ＨＩＶ等病毒体中，遗传信息由 析ＲＮＡ二级结构的相似性。这些方法计算比较简单，并具 ［１］ ＲＮＡ携带而不是ＤＮＡ 。ＲＮＡ正在从人们眼中简单、线性、 有较好的视觉效果。 功能单一的形象演变成今天的种类多样、结构复杂、功能特 根据构成ＲＮＡ二级结构的碱基有自由基、前配对基和 异的新形象，并且逐渐在中心法则中取得了与ＤＮＡ、蛋白质 后配对基的区别及其化学性质分类的特点，本文给出了一种 同等重要的地位，