利用生物信息学方法开发鹌鹑微卫星标记的研究.DOC

利用生物信息学方法开发鹌鹑微卫星标记 白俊艳，庞有志，赵淑娟 （河南科技大学动物科技学院，471003） 中文摘要：本研究对已公布的鹌鹑核酸序列和EST序列总计635条序列中1～6核苷酸重复SSR的分布进行了分析。结果表明，其中共发现120条SSR，检出率为18.9%。二核苷酸重复基元的SSR占40.0%，三核苷酸重复基元的SSR占35.8%，五核苷酸重复基元和四核苷酸重复基元的SSR类型，分别占14.2%和10.0%，没有发现六核苷酸重复基元的SSR。组成这些SSR的主要基序有AT/TA，CA/GT，GA/CT，CAG/GTC，AGG/TCC，TAA/AAT，GGC/CGG，GAC/CTG，CGA/GCT，GCA/CGT，GAG/CTC，ACC/CCA，TCTT，TTTG，TCCA，ATGAT/ATCAT，TCCCT，TTCCC。并且SSR的重复次数都在5以上，由此可以推测利用鹌鹑核苷酸序列和EST序列中的SSR序列将有可能开发一批有价值的SSR分子标记供各种研究所用，还有助于鹌鹑高密度遗传图谱的构建、重要功能基因克隆及基因功能等研究。 关键词：鹌鹑，微卫星，生物信息学方法 鹌鹑分为野生鹌鹑和家养鹌鹑两类。野生鹌鹑主要有野生普通鹌鹑和野生日本鸣鹑两种野生普通鹌鹑。鹌鹑具有体型小、产蛋能力强、繁殖快、易饲养、耗料少等特点，因而具有较高的经济价值，同时还因其敏感性好、世代间隔短，是一种很好的实验动物，可供营养学、遗传学、疾病学、组织学、胚胎学、生理学、繁殖学、药理学等学科方面的实验和研究。然而，现阶段对鹌鹑的遗传资源研究不多，对于分子遗传标记领域的研究报道比较少。 微卫星（microsatellite）是DNA序列中以16个碱基为一个重复单位，重复10～20次左右，首尾相接的串联重复序列，又称为简单序列重复DNA（SSR）。Kayang等[1]（2004）开发了鹌鹑100多个的微卫星标记，并首次绘制了鹌鹑的部分遗传连锁图谱。Kayang等[2]（2006）利用AFLP和SSR标记构建了鹌鹑的部分染色体的遗传连锁图谱。到目前为止，已经开发的鹌鹑的微卫星标记仍然为数不多。随着生物技术、生物信息学的发展，GeneBank、DDBJ等国际生物学公共数据库中核酸序列信息也在不断增多，为我们开发鹌鹑微卫星标记提供了条件。利用生物信息学方法从这些数据库中检索SSR序列无疑是一个简便快速的方法。这种方法节省了传统微卫星开发过程中的大量测序费用，也节省了大量人力，因此具有广阔的应用前景。本研究的目的就是利用生物信息学方法开发鹌鹑的新微卫星标记，为开展鹌鹑遗传多样性研究、品种鉴定、比较基因组研究、进一步完善鹌鹑遗传连锁图谱等工作提供更方便实用的标记。 一、材料与方法 首先，对NCBI中的公共数据库Genebank中的所有鹌鹑核酸序列和EST序列进行检索，网站为：/。然后，用微卫星在线搜索工具SSRIT从这些鹌鹑序列中查找微卫星，网站为/db/searches/ssrtool。最后将找到的微卫星利用/Blast.cgi进行序列同源比对，对于获得的SSR进行统计分析。 二、结果与分析 （一）鹌鹑SSR的检出率： 截至于2009年4月底，从NCBI网站上检索到鹌鹑的496条核苷酸序列和139条EST序列，总计635条序列。其中共发现120条SSR，检出率为18.9%。 （二）鹌鹑不同重复核苷酸数SSR分布 表1 SS不同重复核苷酸数的数量及百分比 重复核苷酸数 SSR数量（条） 占所有SSR的百分比（%） 二核苷酸 48 40.0 三核苷酸 43 35.8 四核苷酸 12 10.0 五核苷酸 17 14.2 SSRs总数 120 不同重复核苷酸SSR在鹌鹑的基因组中并不是均匀分布的，由表1可以看出，二核苷酸重复基元的SSR类型最多，占总数的40.0%，其次是三核苷酸重复基元的SSR类型，占35.8%，最少的是五核苷酸重复基元和四核苷酸重复基元的SSR类型，分别占14.2%和10.0%。而且，在鹌鹑中没有发现单核苷酸重复基元和六核苷酸重复基元的SSR。 (三)鹌鹑各种SSR分布 表2 二核苷酸基元和三核苷酸基元的SSR 重复单元数 重复单元 SSR数量（条） 百分比（%） 二核苷酸 GA/CT 15 31.3 CA/GT 16 33.3 AT/TA 17 35.4 GC/CG 0 0.0 三核苷酸 TTA/AAT 4 9.3 GGC/CGG 3 7.0 GAC/CTG 3 7.0 CAG/GTC 9 20.9 CGA/GCT 3 7.0 GCA/CGT 3 7.0 AGG/TCC 8 18.6 GAG/CTC 3 7.0 ACC/CCA 3 7.0 CCT 1 2.3 TTG