药学分子生物学（唐晓波）第九章 药物蛋白质 第一二节　蛋白质组学概述.pptVIP

*转录组学研究方法 杂交：基因芯片（Gene chip） 测序：SAGE、 MPSS、RNA测序技术 *基因芯片技术步骤 ?芯片制备 ?样品制备：提取、扩增、荧光标记。 ?杂交反应：选择最佳反应条件。 ④信号检测和结果分析 *EST EST（Expressed Sequence tags，表达序列标签 ）是从已建好的cDNA库中随机抽取克隆，是cDNA的一个片段。 *标签 来自转录物内特定位置的一小段寡核苷酸序列（9-11 bp）含有鉴定一个转录物特异性的足够信息，可作为区别转录物的标签（tag）； *丰度 标签出现的频率 丰度（abundance）。 *药物靶标 *药物靶标是指体内具有药效功能并能被药物作用的生物大分子，如某些蛋白质和核酸等生物大分子。 *发现药物靶标的途径 有效单体化合物 基因表达差异 蛋白质表达差异 蛋白质相互作用等 *反义技术 *反义技术(antisense technology)是通过碱基互补原理，干扰基因的解旋、复制、转录、mRNA的剪接加工乃至输出和翻译等各个环节，从而调节细胞的生长、分化等。 *小干扰RNA *小干扰RNA（Small interfering RNA；siRNA）是一个长20到25个核苷酸的双股RNA。目前已知siRNA主要参与RNA干扰（RNAi）现象，以带有专一性的方式调节基因的表达。 *RNA干扰（RNA interference, RNAi）是指在进化过程中高度保守的、由双链RNA（double-stranded RNA，dsRNA）诱发的、同源mRNA高效特异性降解的现象。 第九章?　药物蛋白质组学　 Chapter 9 Pharmacoproteomics 主要内容 第一节 蛋白质组学概述 第二节 药物蛋白质组学及应用 第一节 蛋白质组学概述 背 景 基因：3-4万；蛋白质：几十万 同一个基因，蛋白质不同； 许多蛋白质的功能是未知的； 大部分疾病不是基因改变造成的。 基因：携带信息、稳定 蛋白：功能执行者、变化 单个蛋白质不能弄清生命的本质 主要内容 一、蛋白质组学　???　 二、蛋白质组学的分类　???　 三、蛋白质组与转录组的关系　???　 四、*蛋白质组学的主要研究技术 一、蛋白质组学 （一）蛋白质组的概念 （二）蛋白质组学的概念 （一）蛋白质组的概念 * proteome是由一个基因组、一个细胞、一个有机体或某一特定的组织类型所表达的全部蛋白质。 蛋白质组包含时间、空间的概念，随着组织、甚至环境状态的不同而改变。 蛋白质的种类和数量在同一机体的不同细胞中是各不相同的。 同一细胞，在不同时期、不同条件下，蛋白质组也是在不断改变的。 在病理或治疗过程中，细胞蛋白质的组成及其变化与正常生理过程的也不同。 （二）蛋白质组学的概念 * proteomics是研究蛋白质组的科学。 包括蛋白质的组成、表达水平、翻译后修饰、蛋白质间相互作用等。 蛋白质组比基因组复杂 基因：有4种单核苷酸 蛋白质：不仅仅是20 AA：剪接、翻译 蛋白质的生物学活性取决于：DNA、mRNA剪接、修饰、定位、分布、结合形式等。 基因组研究的是生物的整体，而蛋白质组研究的对象范围小，甚至只是细胞器蛋白质组学。 二、蛋白质组学的分类 表达蛋白质组学（Expression proteomics） 结构蛋白质组学（Structural proteomics） 功能蛋白质组学（Functional proteomics） 1.表达蛋白质组学 *比较不同样品间蛋白质表达谱、表达量、修饰的差异，发现疾病特异性蛋白质或药靶。 2.结构蛋白质组学 *对特定细胞器中全部蛋白质或蛋白质复合体的结构进行分析，确定它们在细胞中的定位，了解蛋白质之间的相互关系。 目的：*建立细胞内信号转导网络图。加快药靶的确定和药物的筛选。 3.功能蛋白质组学 *研究执行某种功能的： 蛋白质复合体 蛋白质-蛋白质相互作用 蛋白质-DNA/RNA相互作用 蛋白质翻译后修饰。 蛋白质组学新的研究趋势 亚细胞蛋白质组学 定量蛋白质组学 磷酸化蛋白质组学 糖基化蛋白质组学 相互作用蛋白质组学 三、蛋白质组与转录组的关系 转录组研究的是mRNA总和，蛋白质组研究的是所有蛋白质，前者指导后者，但并不绝对，因为翻译有调控和后续修饰、跨膜转运作用。 *种类和含量的相关性＜0.5； mRNA不能反应蛋白质的定位、迁移、相互作用。 转录组和蛋白质组都受多种因素的调节 四、蛋白质组学的主要研究技术 微量蛋白无法进行扩增。 蛋白质组也没有一种测序技术与基因组研究中起关键作用的自动化的DNA测序技术相媲美。 Chip等技术的发展使我们对基因的研究可以高通量，而对蛋白质组的研究离高通量还有很大差距。 *蛋白质组学技术 （一