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2017-07-17 发布于河北
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基因组组装模型_初稿_

封面我们参赛的题目是：B题参赛队员：姓名专业班级及学号联系电话 1 高鸿铭应用数学学院统计学 12 （2 ）班 3112008167 2 吴亦祥应用数学学院信息与计算 12 （1）班 3 梁馨予应用数学学院信息与计算 12 （1）班日期： 2014 年 5 月 28 日 - 1 - 目录 1 摘要3 2 问题重述 3 3 问题分析（问题一）4 4 模型假设 4 5 概率模型建立 5 5.1 总流程图： 5 5.2 利用 HiTEC 算法纠错 5 5.3 编码规则 7 5.4 信息存储 8 6 算法步骤（问题一）9 6.1 DNA 拼接策略9 6.2 无后缀问题及解决方案 11 6.2.1 退五进八原则 11 6.2.2 反向拼接策略 13 6.3 多个后缀问题及解决方案 14 6.3.1 聚类- 回溯 15 6.4 repeat 问题及解决方法 16 7 结论 18 8 参考文献 19 9 附加的算法与程序 19 - 2 - 基于二阶离散马尔可夫概率模型的基因组组装（B 题） 1 摘要基因组测序是生物信息学的核心，有着极其重要的应用价值。然而针对新的测序技术产生的数据特点：长度短，数量多，覆盖率大，传统的拼接算法并不适用于进行拼接。新的拼接算法在拼接效果上仍有待提高。本文使用的基于概率模型的基因组从头测序算法克服了原有的拼接算法过度依赖碱基片段之间重叠信息的缺陷，创造性地将基因组组装过程抽象为二阶离散马尔可夫过程。针对问题，本文算法首先对于纠错后的reads 构建概率模型存储系统的状态序列和全部转移概率，然后给定系统中的两个前驱状态，结合最大转移概率原则便可确定下一个最佳状态，最后用最佳状态更新