山药种质资源核糖体rDNA-ITS区序列分析.PDF

山药种质资源核糖体rDNA-ITS 区序列分析 1* 1, 2 1, 2 1* 1 吴志刚 ，范传颍 ，包晓青 ，陶正明 ，姜 武 1. 浙江省亚热带作物研究所，浙江 温州 325005 2. 温州医科大学，浙江 温州 325035 摘 要：目的 分析 14 种山药种质 ITS 序列，为山药种质资源分子鉴别和进化关系研究提供依据。方法 PCR 克隆扩增 ITS 序列并进行双向测序，Clustal X （v1.83 ）软件进行序列比对，Mega （v4.1 ）计算序列核苷酸比例及遗传距离，并构建邻接 树（Neighbor-joining tree ，NJ Tree ）和最大简约树（Maximum parsimony tree ，MP Tree ）。结果 14 种山药种质 ITS 序列全 长为 558～594 bp，其中ITS1 长度为 141～165 bp，ITS2 长度为 146～158 bp；ITS 序列存在大量的转换、颠换，转化/颠换 比率为5.347，ITS1 和 ITS2 序列均显示 102 个变异位点；14 种山药种质 K2-P 遗传距离为 0～0.517 2 ；薯蓣Dioscorea opposita、 褐苞薯蓣 Dioscorea persimilis 、日本薯蓣Dioscore japonica 关系亲密，组成单一支系；参薯Dioscorea alata 与山薯Dioscorea fordii 关系亲密，聚为另一分支，并位于发育树基部。结论 ITS 序列系统树为澄清山药类资源进化关系奠定了基础，序列 中丰富的变异位点为多基原山药鉴别提供了科学依据。 关键词：山药；ITS ；亲缘关系；系统进化；分子鉴定 中图分类号：R282.12 文献标志码：A 文章编号：0253 - 2670(2014)08 - 0 - 07 DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2014.08. Sequence analysis on rDNA-ITS region of germplasm resources from Dioscorea spp. 1 1, 2 1, 2 1 1 WU Zhi-gang , FAN Chuan-yin , BAO Xiao-qing , TAO Zheng-ming , JIANG Wu 1. Zhejiang Institute of Subtropical Crops, Wenzhou 325005, China 2. Wenzhou Medical University, Wenzhou 325035, China Abstract: Objective To provide scientific evidence for molecular identification and phylogenetic evolution by analyzing ITS sequences in 14 different germplasms from Dioscorea spp. Methods The internal transcribed spacer (ITS) regions were cloned by PCR amplification and sequenced bi-directionally. The ITS sequences were aligned using Clustal X software (version 1.83), the genetic distances were calculated via kimura 2-parameter (K2-P) model using Mega software (version 4.1), and the phylogenetic trees were constructed through the Neighbor-joining (NJ) and maximum parsimony (MP)