丙肝病毒耐药机理相关文献调研.pdf

天大药学院 丙肝病毒耐药机理相关文献调研 CADD 作业 李晓宇 2012213004 文献推介： Understanding the drug resistance mechanism of hepatitis C virus NS3/4A to ITMN-191 due to R155K, A156V, D168A/E mutations: A computational study D. Pan et al. / Biochimica et Biophysica Acta 1820 (2012) 1526–1534 本文使用分子动力学方法，计算不同突变体与小分子抑制剂的相互作用观察小分子在突 变体活性口袋中的表现，与野生型的结合情况进行对比，从数据和直观角度揭示了丙肝病毒 重要的耐药机制。 所选择的突变型主要分为两种类型：一种是在活性口袋中直接与小分子抑制剂发生相互 作用的Ala156 位点和Arg155 位点；还有一种虽然不与小分子直接相互作用但是在保持活性 口袋构型中起重要作用的Asp168 位点。（以上所述位点均为野生型。） 计算所用蛋白质分子模型 PDB 编号为 3M5L，其中包含一个点突变Q80K，将其改变为 野生型 80 号氨基酸恢复成 Gln，然后同小分子一同进行分子动力学计算，以确定其结合模 式。通过计算发现在其相互作用中起关键作用的是分子间的非极性作用（疏水作用）以及 P2 与Arg155 之间的阳离子-π相互作用。 图 1 A: 3M5L 与ITMN-191 （小分子抑制剂）；B: 活性口袋示意图；C: 小分子ITMN-191 球棍模型 分别将野生型大分子做A156V ，R155K，D168A 以及D168E 这四种突变，然后再分别同 小分子抑制剂进行分子动力学模拟得到不同结果，通过这些结果丙肝病毒的耐药机制可以被 很好地揭示出来。活性口袋周边的氨基酸突变可以导致活性口袋的变化，由此导致的受体配 体结合稳定性的改变即导致其耐药性产生的原因。根据突变位点的不同，可以将其耐药机制 大致分为以下几种： 1. 直接与小分子抑制剂相互作用的氨基酸突变导致受体配体相互作用减弱，R155K 突变即 属于这一类型。在野生型与小分子抑制剂相互作用中有一个非常重要的阳离子-π相互作 用，这个作用存在于Arg155 与P2 之间，将Arg155 突变为Lys155 之后这一作用就没有 了。此外，由于野生型中的Arg155 与Gln80 的羰基和Asp168 的羧基可以形成盐桥，这 一作用是维持大分子活性口袋的必要作用，将Arg155 替换成Lys155 后盐桥被破坏，活 性口袋随之发生巨大变化，导致小分子抑制剂与大分子的结合模式也发生了巨大的变化， 小分子抑制剂与Lys136 之间的疏水作用也因距离变大而减小。这两个主要变化导致小分 子抑制剂与大分子的相互作用明显减弱，即产生耐药性。 2. 活性口袋中的氨基酸突变导致活性口袋的空间形状发生变化，小分子不能很好地与活性 位点结合，A156V 突变即属此类。将Ala156 突变为Val156 后由于缬氨酸的空间位阻比 较大，小分子不能很好地结合于活性口袋之中，在受体配体相互作用中其重要作用的阳 离子-π相互作用无法形成，受体配体结合能力被大大削弱，产生耐药性。 3. 非活性口袋氨基酸突变导致的活性口袋变化使受体配体相互作用削弱，Asp168 位置的突 变D168A 和D168E 突变即属此类。此活性口袋的构成中包含一个重要的盐桥，即Arg155 与Asp168 之间的盐桥，这个盐桥不仅控制着活性口袋的形状，还束缚着Arg155 使其能 够与小分子抑制剂之间阳离子-π相互作用的形成。在D168A 突变中，形成盐桥的羧基被 替换成甲基，盐桥的形成被破坏使 Arg155 不再盐桥的束缚而变得更加灵活，它与小分 子之间的相互作用就减弱了。在D168E 突变中，虽然形成盐桥的基团没有改变，但是碳 链增长，使其与Arg155 之间的相互作用削弱，这同样使得Arg155 变得灵活可动，从而 与小分子抑制剂不能很好地形成阳离子-π相互作用，受体配体相互作用削弱。这也是产 生耐药性的一种原因。 表格1 显示了计算结果，文章中的图5 （图片太大了不大好截到文档中，可以从原文中 看到）则很好地显示出了小分子在各种不同的情况下与大分子的结合情况，可以看出P2 在