不同物种ATGL基因部分序列的生物信息学分析.pdfVIP

安徽农业科学。JournalofAnhuiAgri．Sci．2008。36(29)：12624—12626 责任编辑 孙红忠 责任校对 傅真治 不 同物种ATGL基因部分序列的生物信息学分析 杨红文，粟朝芝，王春凤，韦毕芬 (贵州省畜牧兽医研究所，贵州贵阳550005) 摘要 [目的]深入 了解ATGL基因的遗传多样性以及不同物种ATGL基 因间的分子系统进化关系。[方法]应用比较基因组学和生物信 息学方法分析 了8个物种ATGL基因的遗传多样性和分子系统进化。[结果]32条基 因序列共检测到77个多态位点，发现 12种单倍型。 各物种间核苷酸歧异度和净遗传距离分别在0．00548～0．19737和0．00439～0．19737。分子系统进化树结果显示，人、猕猴、黑猩猩之 间以及挪威鼠和家鼠之间的亲缘关系较近 ，而狗、牛与家鼠间的亲缘关系较远。人、家鼠和猪的非同义替换位点数明显高于同义替换位 点数。各同源ATGL基 因的有效密码子数和密码子偏爱指数分别在27．618～38．016和0．643～0．807。[结论]该结果为进一步研究A GL基因的生物学功能和确定动物脂肪沉积及 肉质性状的候选分子标记提供了基础资料。 关键词 ATGL基因；生物信息学；遗传多样性；分子系统进化 中图分类号 S188 文献标识码 A 文章编号 0517—6611(2008)29—12624—03 BioinformaticsAnalysisofPartialSequencesofA舰 GeneinDifferentSpecies YANGHong．wenetal (GuizhouInstitueofAnimalHusbandryandVeterinaryMedicine，Guiyang．Guizhou550005) Abstract [Objective]TheaimwastounderstandthegeneticdiversityofAz￡geneandmolecularphylogeneticrelationshipsofA舭 gene indifferentspecies．[Method]ThegeneticdiversityandmolecularphylogenyandevolutionoftheATGLgenefrom8specieswereanalyzedU— singthemethodofcomparativegenomicsandbioinformatics．1ResultlAtotalof77polymorphicsitesweredetectedfrom32sequences，rfom which12haplotypeswerefound．Thenucleotidediversitiesandthenetgeneticdistanceamongvariousspecieswere0．00548—0．19737and 0．OO439—0．19737，resp．Th eresultofthemolecularphylogenetictreeshowedthatthegeneticrelationshipwerecloseamonghuman，mOB— keyandchimpanzee，andbetweenNorwayratandhousemouse，butthegeneticrelationshipwererelativefarbetweendog，cattleandhouse mouse．Thenonsynonymoussubstitutionsitesweremorethansynonymoussubstitutionsitesinhuman．housemouseandpigobviously．Theef- fectivenumberofcodon (ENC)andcodonbiasindex(CBI)ofthehomologousAmLgeneswere27．618—38．016and0．643—0．807，resp． 1Conclusion]TheresearchprovidedthebasicdataforthefurtherstudyonthebiologicalfuInctionofAm geneandtheidentificationofcandi— datemolecularmarkerofanimalaftdepositandmeatquality． Keywords A gene；Bioinformatics；Geneticdiversity；