SGE将自动分配计算节点开始计算提交计算任务的命令如下.PPT

第5步: 输入连接密码, 远程图形界面登录成功 视频演示 第6步：退出图形化登陆，删除连接端口号 删除连接端口的命令：vncserver –kill :端口号 例如： * 3.3 编写计算任务脚本 确定需要使用哪个软件来进行计算分析 阅读该软件的使用手册，了解软件的使用方法 根据你的计算任务，编写一个SGE计算任务脚本文件，该文件对你需要系统进行计算的任务进行描述。 * BIC TMMU Example：使用clustalw-mpi进行多序列比对 * BIC TMMU 问题：对来自多个菌种的traG蛋白质序列进行比对 解决思路：使用并行ClustalW程序ClustalW-mpi，对序列进行多序列比对. 参考分析流程： SSH登录系统 上传序列文件 traG.fasta 到自己的目录 编写SGE脚本文件，提交 分析结果 步骤 1：上传待分析的数据 traG.fasta 通过xftp上传数据到用户工作目录 /disk1/zouly/traG 步骤 2：编写mpiblast的计算脚本文件 #!/bin/bash #$ -cwd #$ -j y #$ -S /bin/bash # export MPI_DIR=/opt/openmpi/ $MPI_DIR/bin/mpirun -np $NSLOTS /disk1/biosoft/clustalW-mpi/clustalw-mpi-0.15/clustalw-mpi -infile=traG.fasta -outfile=result.aln 在工作目录内创建一个文件，如clustalw-mpi.qsub，内容如下 * #!/bin/bash #$ -cwd #$ -j y #$ -S /bin/bash # BIC TMMU clustalw-mpi.qsub 脚本文件内容的含义解析： 公共部分，所有脚本通用 /disk1/biosoft/clustalw-mpi/clustalw-mpi-0.15/clustalw-mpi -infile=traG.fasta -outfile=result.aln 声明使用openmpi并行环境 export MPI_DIR=/opt/openmpi/ $MPI_DIR/bin/mpirun 调用mpirun进行并行计算 使用clustalw-mpi进行序列比对的程序命令 /disk1/biosoft/clustalw-mpi/clustalw-mpi-0.15/clustalw-mpi -infile=traG.fasta -outfile=result.aln clustalw-mpi程序的路径 -infile= 指定输入的序列文件名 -outfile= 指定保存比对结果的文件名 clustalw-mpi程序执行命令解析： 步骤3：向系统提交计算任务 将写好的脚本程序提交到系统，SGE将自动分配计算节点开始计算 提交计算任务的命令如下： [zouly@big traG]$ qsub -pe orte 16 clustalw-mpi.qsub Your job 54 (clustalw-mpi.qsub) has been submitted 提交计算任务的命令解析： qsub 提交计算任务的命令 -pe orte 16 申请使用16 个CPU 计算核心来进行计算 clustalw-mpi.qsub 脚本文件的名称 步骤4：查看计算任务状态 查看任务运行状态的命令 qstat （查看基本信息） qstat -f （查看计算节点工作状态） qstat -j job-ID （查看正在运行的任务的详细情况） * BIC TMMU [zouly@big traG]$ qstat job-ID prior name user state submit/start at queue ------------------------------------------------------------------------------------------------ 54 0.55500 clustalw-m zouly r 04/27/2011 15:49:46 all.q@compute-0-9.local 步骤5：查看计算结果 结果保存在result.aln文件中 * BIC TMMU 使用qdel命令删除已经提交的计算任务 使用命令：qdel job-ID 例如，用户提交