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转录组Trinity组装软件介绍
转录组Trinity组装软件介绍;Outline; Why do we use Trinity ? ; Why do we use Trinity ? ;How does Trinity work ? ;Inchworm
﹡构建k-mer库，K=25。
﹡从k-mer库中删除可能包含错误的k-mer。
﹡选择最高频度的k-mer作为种子（不包括复杂度和单一的k-mers,一次用完即从k-mer库中剔除），用来contig组装。
﹡延伸种子，k-1个overlap关系。（a greedy k-mer-based approach）
﹡延伸至不能再延伸，形成线性contig
﹡重复3-5，直到k-mer库为空。
;Chrysalis
﹡把可能存在可变剪切及其他平行基因的contigs聚类。
聚类情况：
（1）如果contigs间有k-1（25-1=24）个overlap。
（2）如果两个contig各有（k-1）/2个overlap。
﹡每个contigs集定义成一个component，对每个component构建de Bruijn graphs（构建de Bruijn 图时，Trinity利用k-1mer作为节点，SOAPdenovo利用k-mer作为节点）
﹡拿reads验证，看每个component的reads支持情况。;Butterfly
﹡graph simplification
（1）合并在de Bruijn 图中有连续节点的线性路径，以形成更长的序列。
（2）剔除可能由于测序错误（只有极少reads支持）的分叉，使边均匀。(多倍体多态性似乎比测序错误更常见，保留）
﹡plausible path scoring
用动态规划算法打分，鉴定被reads和read pairs支持的路径，剔除reads支持少的路径。
;Butterfly
;Butterfly
;How to run Trinity ;具体执行步骤（2011-08-20版）;产生文件（夹）：
﹡ left.fa right.fa both.fa* inchworm.K25.L48.DS.fa meryl_kmer* meryl.kmers.min1.fa monitor.out chrysalis/ 及Trinity.fasta(为最终组装结果)
﹡Trinity最终组装成contig，不含N，而不是scaffold,组装的序列也无须补洞、优化。
﹡Trinity组装很占内存及空间，一般，2G以内包括2G?clean?data，4~15G内存足够；若clean?data大于2G?,内存要设大于15G,4G以上就要大于20G内存。;文件内容说明：
﹡ inchworm.K25.L48.DS.fa
;文件内容说明：
﹡Trinity.fasta
;
the end
thank you!
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