mirna 标的基因之预测软体- pita - 华联生物科技.pdf

miRNA 標的基因之預測軟體 - PITA 【華聯生技產品開發部 /陳軍赫】 想要瞭解某個 miRNA的功能，最直接的方法為 miRNA 為 DNA轉錄後一段長度約 22個核苷酸 直接辨識它所調控的標的基因，不過 miRNA在與 所組成的 RNA 片段，近來許多研究指出，每個 mRNA target site 結合時，只有部分片段會以完 miRNA可以調控多個基因表現進而對於生物體之 全互補方式進行鍵結 (Partial perfect comple- 細胞分化、增殖及代謝產生影響。通常 miRNA的 mentarity) ，其他片段則會出現 Gap 或 調控作用大多為抑制基因表現，其大致的作用機 Mismatch 等情形，目前 miRNA在選擇標的基因 制步驟如下圖一( ) ： 的規則還尚未清楚，因此要清楚辨識出 miRNA所 1. DNA 會先轉錄出雙股 Hairpin 結構的 調控之標的基因是件困難的工作。一般來說，多 Pre-miRNA後，並經由蛋白運送至細胞核外。 數 miRNA會以 5＇端第 2-8號核苷酸與 mRNA 2. Pre-miRNA 其中一股會與蛋白質包含( Argo- 3＇-UTR(Un-TranslatedRegion) 進行完美互補鍵 naute和 Tnrc6)結合形成複合體，稱為 miRNA- 結 (Perfect Pairing) ，此區域稱作「Seed region induced silencingcomplex (miRISC) ，同時 」，在 Seed region 之外片段，miRNA 與 Dicer酵素會將 Pre-miRNA Hairpin loop及另外 mRNA 核苷酸則較常出現無鍵結 (Gap 或 一股移除。 Mismatch)或是 G:U Wobble 等情形圖二( ) 。但 3. miRISC會與 mRNA 上的 miRNA Recognition 除了上述一般鍵結型態之外，部分 miRNA 的 Elements(MERs) 進行鍵結後，會去抑制 mRNA Seed region 也有可能出現無鍵結 (Imperfect 之後的轉譯作用或是加速 mRNA衰敗而抑制基因 Seed)或是 G:U Wobble 等狀況，甚至鍵結位置 表現。 會出現於 mRNA 3＇- UTR 以外的區域。 圖圖一、一、mmiRNAiRNA作作用機制示意圖用 機制示意圖 圖圖片來源(( 片來源::Wikipedia)Wikipedia) 1 2014.07 科技 專題 能力較佳，但對於非一般 miRNA-mRNA