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Skyline iRT 保留时间预测 长久以来，肽段保留时间的预测一直是靶向蛋白质组学感兴趣的研究内容。早在0.2 版时， 1 Skyline 就整合了基于未修饰的肽段序列计算疏水性的SSRCal 算法 作为一种预测肽保留时间的方 法，在“靶向方法优化”教程中有详细的描述。到了0.5 版，Skyline 就开始支持目前最先进的“预 定采集”技术。“靶向方法优化”教程中对这种技术进行了介绍：首先在正常色谱条件下，对关注 的全部目标肽段进行非预定采集质谱检测，只要该平台的色谱条件未发生变化，这些肽段的色谱 保留时间信息就可以被用于预定后续重复实验中目标肽段的保留时间。 基于非预定质谱采集获取肽段保留时间有一项缺点，即可能需要进行多次质谱实验，当色谱条件 发生任何变化都需要重新开始一次质谱的非预定采集实验，无论这样的色谱条件变化是来源于不 同实验室之间的方法共享还是实验室内部不同仪器，又或者是实验过程中同一台仪器上仅仅是色 谱分离柱的替换。例如，在MacCoss 实验室的一次实验中，为了完成在一次实验中对780 个离子 对进行预定采集的45 次重复测定，总共进行了5 次未预定采集。在NCI-CPTAC 验证研究小组最近 进行的一次实验中，为了完成在一次实验中对