基于加权相对熵的二阶马尔可夫模型的进化树重构.pdfVIP

第34卷 第5期 大 连 交 通 大 学 学 报 Vo1．34 No．5 2013年 10月 JOURNAL OF DALIAN JIAOTONG UNIVERSITY 0ct．2013 文章编号：1673—9590(2013)05—0l12—06 基于加权相对熵的二阶马尔可夫模型的进化树重构 白凤兰，徐琚 ，刘立伟，夏阳 (大连交通大学 理学院，辽宁 大连 116028)带 摘 要：利用加权相对熵的二阶马尔可夫模型的基本原理，对DNA序列进行比较．DNA序列由4个字符 A、T、C、G构成的序列，将其视为一个马尔可夫链，取状态空间I= {A，T，C，G}，使用二阶转移概率矩阵 来描述 DNA序列，得到DNA序列的特征值 ，进而利用特征值定义DNA序列的相似性度量 ，得到能够对 DNA序列进行比较的新方法，并利用这个方法对30个物种的线粒体DNA序列进行分类 ，通过加权相对 熵得到距离矩阵的非比对方法构建的进化树划分更加清晰，准确度更高． 关键词：二阶马尔可夫模型 ；D